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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 有对基因组分析了解的吗？当你测序出两个相似的基因，怎么进行分析？
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静谧limi

铜虫 (小有名气)

[交流] 有对基因组分析了解的吗？当你测序出两个相似的基因，怎么进行分析？ 已有3人参与

如题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2014-09-27 15:24:41
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fanlet

银虫 (正式写手)
列一下差异
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野花不栽年年有烦恼无根日日生
2楼2014-09-27 15:28:52
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静谧limi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fanlet at 2014-09-27 15:28:52
列一下差异

如果知道两种亲缘关系比较近的菌株，由于其中一个产某种化合物，而另一个不产，想通过分析基因来找到决定产的基因簇

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-09-27 15:52:08
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cuihao102

木虫 (小有名气)
★
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只通过两个基因组的对比可能比较费劲！应该找一下同类或者同一家族化合物的生物合成基因簇，对比一下来获得，一般基因组测序或者基因组扫描的结果都应该给个大概的基因功能推测！
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4楼2014-09-27 18:42:24
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静谧limi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cuihao102 at 2014-09-27 18:42:24
只通过两个基因组的对比可能比较费劲！应该找一下同类或者同一家族化合物的生物合成基因簇，对比一下来获得，一般基因组测序或者基因组扫描的结果都应该给个大概的基因功能推测！

对比后怎么分析结果呢？新手求教，谢了

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-09-29 22:50:37
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cuihao102

木虫 (小有名气)
★
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楼主研究的化合物应该有已经报道的同种家族化合物的基因簇，找到这一家族的基因簇，然后和你基因在一起对比，应该就会找到保守区域，这样就有可能发现你要的差异。
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6楼2014-09-30 11:41:26
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
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这是经常碰到的情况。你应该做两个基因组的共线性分析，和差异分析。
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https://www.microbialgenomic.cn/
7楼2014-10-10 21:34:51
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
还要看这两个菌株的表型是否有差异，如特殊的代谢
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https://www.microbialgenomic.cn/
8楼2014-10-10 21:35:25
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
找两个基因组各自的独特基因。当然这是常规思路，有的时候你通过上述分析，不一定会有收获
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https://www.microbialgenomic.cn/
9楼2014-10-10 21:36:49
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