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QM/MM 和ONIOM 已有1人参与
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| 请问 QM/MM和ONIOM什么关系 我看的文献说ONIOM（B3LYP/6-31G:UFF），这括号里面的第一项是用量子力学（QM）在B3LYP/6-31G水平计算，用分子力学方法（MM）在UFF水平上计算。。。我说的对吗？也就是UFF是分子力学范畴？还有文献说分层计算在QM和 classical dynamics两方面连用，经典力学是不是就是指的MM分子力学呢？ |
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你好，我用oniom方法计算过渡态，想请问一下S值测试是计算的前期络合物和后期络合物还是过渡态，不太了解S值测试是怎么定义的？附件是我S值测试的一个输入文件，但是不知道写的是否正确，您能帮我看一下吗？ |
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2016-01-08 16:26:59, 5.45 K
6楼2016-01-08 16:27:50
hairan
木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-09-28 16:34:50
兰花草翠翠: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-10 15:15:58
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zhou2009: 金币+5 2014-09-28 16:34:50
兰花草翠翠: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-10 15:15:58
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QM/MM和Gaussian的ONIOM有联系，又有区别。 1、传统的QM/MM必须是一部分使用量子化学方法（QM），另一部分使用分子力学方法（MM），但是对于Gaussian的ONIOM方法，在不考虑计算资源承受能力的情况下，可以对任何一部分使用任何一种Gaussian软件支持的方法。 2、传统的QM/MM方法使用一般只能将体系分成2各部分（或者叫层次），而ONIOM可以将体系分成三个层次，结果更加精细。 3、传统的QM/MM方法对体系的优化过程中，对每个部分的优化是在该部分对应的势能面上进行的，而ONIOM的优化是将所有部分作为一个整体，优化过程是在整体的势能面上进行了。 MM是Molecular Mechanics的简写，你在文献上看到的molecular dynamics (MD)说的是分子动力学，MM指的是一类计算能量的方法，而MD是一类研究体系动态过程或者体系系综平均的算法。MD可以基于MM，也可以基于QM。 文献上的ONIOM(B3LYP/6-31G:UFF)的意思是这是一个两层ONIOM计算，对定义为High的那一层使用量子化学方法B3LYP/6-31G来计算，而对定义为Low的那一层使用分子力学力场UFF来算。 |
2楼2014-09-28 01:10:50
3楼2014-09-28 23:40:15
lastzealot
新虫 (著名写手)
【乱世的奸雄】
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4楼2015-10-01 20:27:22
30