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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】使用gaussian的oniom+amber的时候出现错误
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】使用gaussian的oniom+amber的时候出现错误 已有5人参与

大家好，
我使用Oniom分层计算，具体的参数是：# ONIOM=(RHF/6-31G:AM1:Amber)

但是出现如下错误：

Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms   18   22
Bondstretch undefined between atoms   18   23
Angle bend undefined between atoms   13   15   16
Angle bend undefined between atoms   15   18   22
Angle bend undefined between atoms   15   18   23
Angle bend undefined between atoms   22   18   23
MM function not complete
Error termination via Lnk1e in /home/bai/soft/g03/l120.exe at Sun Jun 20 16:56:19 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     20 Int=      0 D2E=      0 Chk=     10 Scr=      1

我想是不是缺少用amber计算的这一功能，是不是要用特殊的链接，使得gaussian计算的时候，也可以计算amber？amber我已经装上

谢谢！
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1楼 2010-06-20 17:48:29
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★
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引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-06-20 17:48:29:
大家好，
我使用Oniom分层计算，具体的参数是：# ONIOM=(RHF/6-31G:AM1:Amber)

但是出现如下错误：

Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms   18   22
Bondstretch undefined ...

是不是分层没分好呢？？？
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2楼2010-06-20 19:21:21
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javacfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-06-20 19:21:21:


是不是分层没分好呢？？？

我最后一层选择是的amber,也就是做MM,前两层都是QM..会不会是最后一层要调用amber？这个还真不大清楚
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3楼2010-06-20 20:23:21
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-06-21 19:04:21
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-06-20 20:23:21:


我最后一层选择是的amber,也就是做MM,前两层都是QM..会不会是最后一层要调用amber？这个还真不大清楚

我也不怎么用ONIOM，以前练习的时候发现，分层不好分呀！！看你的错误提示，好像是分层的问题。
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4楼2010-06-20 20:28:36
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javacfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-06-20 20:28:36:

我也不怎么用ONIOM，以前练习的时候发现，分层不好分呀！！看你的错误提示，好像是分层的问题。

除了底层一定要套着高层的，以你的经验，分层还有什么特殊的原则吗？
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5楼2010-06-20 20:36:22
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
[quote]Originally posted by javacfish at 2010-06-20 20:36:22:


除了底层一定要套着高层的，以你的经验，分层还有什么特殊的原则吗？ [/quot
看看区长发的帖子！
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6楼2010-06-21 08:35:41
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):鼓励应助！！ 2010-06-21 18:58:17
本帖内容被屏蔽
7楼2010-06-21 18:41:56
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gaussian08

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这说明你的分子力场有问题，系统默认的分子力场，也就硬参数不适合你的原子类型，需要你自己输入相关的原子力场参数，系统才能继续计算。
赞一下(1人) 回复此楼
有你，有我
8楼2010-06-22 19:24:30
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岁月小浪花

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by gaussian08 at 2010-06-22 19:24:30
这说明你的分子力场有问题，系统默认的分子力场，也就硬参数不适合你的原子类型，需要你自己输入相关的原子力场参数，系统才能继续计算。

请问你说的：“这说明你的分子力场有问题，系统默认的分子力场，也就硬参数不适合你的原子类型，需要你自己输入相关的原子力场参数，系统才能继续计算。”          如何输入相关的原子力场参数呢？有没有具体的指导呀？
赞一下 回复此楼
9楼2014-07-05 22:13:35
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