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动感球球

木虫 (小有名气)

[求助] QM/MM和QMCF方法原理

本人是量子化学方面的新手，想请教一下大侠们，QM/MM和QMCF这两种方法的原理，它们与分子动力学模拟之间是什么关系？计算时所构建的模型最多能够容纳多少个原子，因为本人想要研究无机盐水溶的溶液结构性质，在浓度较低的条件下，体系中可能要包含几千的原子，请问这两种方法适用吗，会不会因为体系太大，程序跑不起来呢？
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空穴来风
1楼 2013-06-08 14:33:31
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klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
动感球球: 金币+5, ★有帮助, 谢谢您的回复！O(∩_∩)O~ 2013-06-09 16:17:53
gmy1990: 金币+2 2013-06-11 01:34:57
我随便说说，以前用过QM/MM，就是体系里一部分原子用量子化学(QM)算，另外的用分子力学(MM)处理。容纳的结构肯定比分子动力学少，具体能否计算取决于你的计算机，和量子化学范围的大小。
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2楼2013-06-09 09:38:49
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stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
动感球球: 金币+5, ★有帮助, 谢谢您的回复！O(∩_∩)O~ 2013-06-09 16:18:09
看看12年的这本书 Combining Quantum Mechanics and Molecular Mechanics, Vol 59 (0123808987)

你的机器够大就不要担心原子的个数. 分区算而已
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3楼2013-06-09 09:54:30
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动感球球

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-06-09 09:38:49
我随便说说，以前用过QM/MM，就是体系里一部分原子用量子化学(QM)算，另外的用分子力学(MM)处理。容纳的结构肯定比分子动力学少，具体能否计算取决于你的计算机，和量子化学范围的大小。

不好意思啊，弱弱的问一下体系里的一部分用原子用量子化学算，另外部分用分子动力学算如何能够实现呢，把所研究的体系直接分成两个部分吗，这样的计算结果能够反映出体系整体的性质吗？这样算有什么好处呢？
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空穴来风
4楼2013-06-09 16:21:53
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动感球球

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stalart at 2013-06-09 09:54:30
看看12年的这本书 Combining Quantum Mechanics and Molecular Mechanics, Vol 59 (0123808987)

你的机器够大就不要担心原子的个数. 分区算而已

我现在用的机器是16G的内存的，在动力学计算的时候，如果选上8个processors时，程序就不跑了，只有在不选的时候才能正常跑，所以处理器的利用率很低，您能指点一下这是为什么吗？
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空穴来风
5楼2013-06-09 16:29:07
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stalart

木虫 (正式写手)
你看看gaussian   ONIOM
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6楼2013-06-09 19:59:14
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klaus1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 动感球球 at 2013-06-09 16:21:53
不好意思啊，弱弱的问一下体系里的一部分用原子用量子化学算，另外部分用分子动力学算如何能够实现呢，把所研究的体系直接分成两个部分吗，这样的计算结果能够反映出体系整体的性质吗？这样算有什么好处呢？...

确实是分成两步分的。我用的ms，具体的你要设定一部分原子作量子计算，其余部分就是分子力学算了。
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7楼2013-06-11 13:31:59
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动感球球

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-06-11 13:31:59
确实是分成两步分的。我用的ms，具体的你要设定一部分原子作量子计算，其余部分就是分子力学算了。...

我一直都是做动力学计算的，没用过量子化学计算，所以想请教您一下就我研究的是无机盐水溶液体系，这样的体系适合用QM/MM方法进行计算吗？如果用QM/MM方法进行计算的话，如何把这个体系分成两部分呢（比如说我构建的体系中有200个水分子，5个钠离子和5个氯离子）？
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空穴来风
8楼2013-06-11 16:49:20
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klaus1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 动感球球 at 2013-06-11 16:49:20
我一直都是做动力学计算的，没用过量子化学计算，所以想请教您一下就我研究的是无机盐水溶液体系，这样的体系适合用QM/MM方法进行计算吗？如果用QM/MM方法进行计算的话，如何把这个体系分成两部分呢（比如说我构建 ...

我也是浅尝了下qm/mm， 你的体系是不适合还需请教高人啊。
另外在ms里选定QM原子很简单， 就是把你要的原子选定然后点一下QMERA模块面板里的add就行了。
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9楼2013-06-13 09:15:21
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动感球球

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-06-13 09:15:21
我也是浅尝了下qm/mm， 你的体系是不适合还需请教高人啊。
另外在ms里选定QM原子很简单， 就是把你要的原子选定然后点一下QMERA模块面板里的add就行了。...

多谢指点
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空穴来风
10楼2013-06-14 08:17:47
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