24小时热门版块排行榜    

查看: 2084  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

动感球球

木虫 (小有名气)

[求助] QM/MM和QMCF方法原理

本人是量子化学方面的新手,想请教一下大侠们,QM/MM和QMCF这两种方法的原理,它们与分子动力学模拟之间是什么关系?计算时所构建的模型最多能够容纳多少个原子,因为本人想要研究无机盐水溶的溶液结构性质,在浓度较低的条件下,体系中可能要包含几千的原子,请问这两种方法适用吗,会不会因为体系太大,程序跑不起来呢?
回复此楼
空穴来风
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

动感球球

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stalart at 2013-06-09 09:54:30
看看12年的这本书 Combining Quantum Mechanics and Molecular Mechanics, Vol 59 (0123808987)

你的机器够大就不要担心原子的个数. 分区算而已

我现在用的机器是16G的内存的,在动力学计算的时候,如果选上8个processors时,程序就不跑了,只有在不选的时候才能正常跑,所以处理器的利用率很低,您能指点一下这是为什么吗?
空穴来风
5楼2013-06-09 16:29:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

klaus1987

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
动感球球: 金币+5, 有帮助, 谢谢您的回复!O(∩_∩)O~ 2013-06-09 16:17:53
gmy1990: 金币+2 2013-06-11 01:34:57
我随便说说,以前用过QM/MM,就是体系里一部分原子用量子化学(QM)算,另外的用分子力学(MM)处理。容纳的结构肯定比分子动力学少,具体能否计算取决于你的计算机,和量子化学范围的大小。
2楼2013-06-09 09:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stalart

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
动感球球: 金币+5, 有帮助, 谢谢您的回复!O(∩_∩)O~ 2013-06-09 16:18:09
看看12年的这本书 Combining Quantum Mechanics and Molecular Mechanics, Vol 59 (0123808987)

你的机器够大就不要担心原子的个数. 分区算而已
3楼2013-06-09 09:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

动感球球

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-06-09 09:38:49
我随便说说,以前用过QM/MM,就是体系里一部分原子用量子化学(QM)算,另外的用分子力学(MM)处理。容纳的结构肯定比分子动力学少,具体能否计算取决于你的计算机,和量子化学范围的大小。

不好意思啊,弱弱的问一下体系里的一部分用原子用量子化学算,另外部分用分子动力学算如何能够实现呢,把所研究的体系直接分成两个部分吗,这样的计算结果能够反映出体系整体的性质吗?这样算有什么好处呢?
空穴来风
4楼2013-06-09 16:21:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见