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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » QM/MM 和ONIOM
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兰花草翠翠

新虫 (初入文坛)

[求助] QM/MM 和ONIOM 已有1人参与

请问 QM/MM和ONIOM什么关系  我看的文献说ONIOM（B3LYP/6-31G:UFF），这括号里面的第一项是用量子力学（QM）在B3LYP/6-31G水平计算，用分子力学方法（MM）在UFF水平上计算。。。我说的对吗？也就是UFF是分子力学范畴？还有文献说分层计算在QM和 classical dynamics两方面连用，经典力学是不是就是指的MM分子力学呢？
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1楼 2014-09-26 23:35:48
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-09-28 16:34:50
兰花草翠翠: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-10 15:15:58
QM/MM和Gaussian的ONIOM有联系，又有区别。
1、传统的QM/MM必须是一部分使用量子化学方法（QM），另一部分使用分子力学方法（MM），但是对于Gaussian的ONIOM方法，在不考虑计算资源承受能力的情况下，可以对任何一部分使用任何一种Gaussian软件支持的方法。
2、传统的QM/MM方法使用一般只能将体系分成2各部分（或者叫层次），而ONIOM可以将体系分成三个层次，结果更加精细。
3、传统的QM/MM方法对体系的优化过程中，对每个部分的优化是在该部分对应的势能面上进行的，而ONIOM的优化是将所有部分作为一个整体，优化过程是在整体的势能面上进行了。

MM是Molecular Mechanics的简写，你在文献上看到的molecular dynamics (MD)说的是分子动力学，MM指的是一类计算能量的方法，而MD是一类研究体系动态过程或者体系系综平均的算法。MD可以基于MM，也可以基于QM。
文献上的ONIOM(B3LYP/6-31G:UFF)的意思是这是一个两层ONIOM计算，对定义为High的那一层使用量子化学方法B3LYP/6-31G来计算，而对定义为Low的那一层使用分子力学力场UFF来算。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2014-09-28 01:10:50
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兰花草翠翠

新虫 (初入文坛)
谢谢 这么认真回答我问题 感激涕零

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-09-28 23:40:15
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】
引用回帖:
2楼: Originally posted by hairan at 2014-09-28 01:10:50
QM/MM和Gaussian的ONIOM有联系，又有区别。
1、传统的QM/MM必须是一部分使用量子化学方法（QM），另一部分使用分子力学方法（MM），但是对于Gaussian的ONIOM方法，在不考虑计算资源承受能力的情况下，可以对任何一 ...

说的太好了，受益匪浅。
请问high和low如何来定义呢？

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-10-01 20:27:22
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by lastzealot at 2015-10-01 20:27:22
说的太好了，受益匪浅。
请问high和low如何来定义呢？
...

这个三句两句说不清楚，需要你先看Gaussian的说明书中的Oniom部分学会分层的原理、原则，然后去看一下GaussView的使用说明来学习怎么分层

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
5楼2015-10-02 16:10:25
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那年·时光飞

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hairan at 2015-10-02 16:10:25
这个三句两句说不清楚，需要你先看Gaussian的说明书中的Oniom部分学会分层的原理、原则，然后去看一下GaussView的使用说明来学习怎么分层
...

你好，我用oniom方法计算过渡态，想请问一下S值测试是计算的前期络合物和后期络合物还是过渡态，不太了解S值测试是怎么定义的？附件是我S值测试的一个输入文件，但是不知道写的是否正确，您能帮我看一下吗？
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    • 2016-01-08 16:26:59, 5.45 K
6楼2016-01-08 16:27:50
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