| 查看: 2793 | 回复: 5 | ||||
[求助]
QM/MM 和ONIOM 已有1人参与
|
| 请问 QM/MM和ONIOM什么关系 我看的文献说ONIOM（B3LYP/6-31G:UFF），这括号里面的第一项是用量子力学（QM）在B3LYP/6-31G水平计算，用分子力学方法（MM）在UFF水平上计算。。。我说的对吗？也就是UFF是分子力学范畴？还有文献说分层计算在QM和 classical dynamics两方面连用，经典力学是不是就是指的MM分子力学呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 经验 |
» 猜你喜欢
七嗪类物质合成求助
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有185人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有4人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
河海大学 （211.双一流高校）钙钛矿光电实验室丁勇团队欢迎有志青年！
已经有3人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用高斯QM/MM算频率和QST3
已经有8人回复
- 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
已经有12人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- QM/MM和QMCF方法原理
已经有9人回复
- QM/MM计算中如何添加Pb的amber力场参数？
已经有8人回复
- Gaussian的oniom计算中固定MM区优化报错
已经有9人回复
- 使用Amber进行QM/MM动力学模拟
已经有5人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 买来的钛片怎样切割成小片呢，0.25 mm ，150 × 150 mm
已经有20人回复
- 关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？
已经有11人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- [求助]QM/MM联用
已经有11人回复
- 【求助】chemshell是商业软件吗
已经有5人回复
- 【求助】使用gaussian的oniom+amber的时候出现错误
已经有8人回复
- 重奖征集国内国外做理论计算课题组的信息
已经有44人回复
- 【求助】GV输出的Oniom输入文件如何修改
已经有17人回复
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- QC强帖: 3
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-09-28 16:34:50
兰花草翠翠: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-10 15:15:58
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-09-28 16:34:50
兰花草翠翠: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-10 15:15:58
|
QM/MM和Gaussian的ONIOM有联系，又有区别。 1、传统的QM/MM必须是一部分使用量子化学方法（QM），另一部分使用分子力学方法（MM），但是对于Gaussian的ONIOM方法，在不考虑计算资源承受能力的情况下，可以对任何一部分使用任何一种Gaussian软件支持的方法。 2、传统的QM/MM方法使用一般只能将体系分成2各部分（或者叫层次），而ONIOM可以将体系分成三个层次，结果更加精细。 3、传统的QM/MM方法对体系的优化过程中，对每个部分的优化是在该部分对应的势能面上进行的，而ONIOM的优化是将所有部分作为一个整体，优化过程是在整体的势能面上进行了。 MM是Molecular Mechanics的简写，你在文献上看到的molecular dynamics (MD)说的是分子动力学，MM指的是一类计算能量的方法，而MD是一类研究体系动态过程或者体系系综平均的算法。MD可以基于MM，也可以基于QM。 文献上的ONIOM(B3LYP/6-31G:UFF)的意思是这是一个两层ONIOM计算，对定义为High的那一层使用量子化学方法B3LYP/6-31G来计算，而对定义为Low的那一层使用分子力学力场UFF来算。 |
2楼2014-09-28 01:10:50
3楼2014-09-28 23:40:15
lastzealot
新虫 (著名写手)
【乱世的奸雄】
- 应助: 87 (初中生)
- 金币: 2684.9
- 散金: 876
- 红花: 24
- 帖子: 2920
- 在线: 212.3小时
- 虫号: 730090
- 注册: 2009-03-24
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
4楼2015-10-01 20:27:22
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- QC强帖: 3
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2015-10-02 16:10:25
|
你好，我用oniom方法计算过渡态，想请问一下S值测试是计算的前期络合物和后期络合物还是过渡态，不太了解S值测试是怎么定义的？附件是我S值测试的一个输入文件，但是不知道写的是否正确，您能帮我看一下吗？ |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : HMimBr-oniom-ts1-3e-2-for-cp.gjf
2016-01-08 16:26:59, 5.45 K
6楼2016-01-08 16:27:50
