| 查看: 994 | 回复: 0 | ||
xxj9618银虫 (初入文坛)
|
[求助]
pdb2gmx出错
|
|
我在做一条肽链，但是它的一段由一个己基取代，也就是VAL里的一个氢原子去掉变成了一个己基，但是运行pdb2gmx时，提示 Fatal error: Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms while sorting atoms. For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it might have had a different number in the PDB file and was rebuilt (it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2). Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus. Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it. Option -ignh will ignore all hydrogens in the input. 我也知道是因为我用己基替换这个氢原子导致的，但是我又必须分析氢键，所以-ignh不会用到，请问我现在应该怎么操作阿？ |
回复此楼» 猜你喜欢
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有5人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有9人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有10人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有24人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
关于gromacs残基不识别的问题
已经有17人回复
- gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场
已经有8人回复
- grompp运行出错，求大神指教
已经有13人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- GROMACS运行完后的结果分析
已经有4人回复
- gromacs安装好后运行pdb2gmx显示还未安装pdb2gmx呢？
已经有4人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- gromacs无法生成gro文件
已经有5人回复
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- gromacs NEMD模拟
已经有12人回复
- gromacs水中的溶菌酶案例,哪出错了?
已经有7人回复
- Gromacs动力学运行出错
已经有4人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已经有3人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- gromacs运行出错
已经有3人回复
- 【讨论】gromacs电荷不为整数
已经有6人回复
- 【讨论】大家用gromacs,都是用什么软件建模的，或者有手写建模的
已经有3人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人