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xxj9618银虫 (初入文坛)
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[求助]
pdb2gmx出错
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我在做一条肽链，但是它的一段由一个己基取代，也就是VAL里的一个氢原子去掉变成了一个己基，但是运行pdb2gmx时，提示 Fatal error: Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms while sorting atoms. For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it might have had a different number in the PDB file and was rebuilt (it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2). Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus. Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it. Option -ignh will ignore all hydrogens in the input. 我也知道是因为我用己基替换这个氢原子导致的，但是我又必须分析氢键，所以-ignh不会用到，请问我现在应该怎么操作阿？ |
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