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[求助]
请教AMBER做膜蛋白动力学模拟的过程
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利用CHARMM-GUI构建了一个膜蛋白体系，体系包含蛋白+配体+膜+水+抗衡离子，请问跑动力学模拟的时候的过程是怎么设置呢？麻烦知道的给我个详细过程吧，比如优化的时候先固定哪个后固定哪个等等？跑平衡的时候是不是也需要先固定膜和蛋白，然后放开膜，然后对于蛋白，也是不同的限制力进行平衡呢？谢谢！ |
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