| 查看: 862 | 回复: 4 | ||||
snchenge8778木虫 (小有名气)
|
[求助]
分子模拟的时间问题
|
| 我想问一下为什么分子动力学模拟的时间设置只有P秒呢？为什么不能设置几个小时？ |
回复此楼» 猜你喜欢
323求调剂
已经有6人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有4人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
-
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教个长程力计算的问题
已经有10人回复
- 分子动力学模拟的时间、体系大小和温度的争议问题！！
已经有23人回复
- 分子动力学模拟时间的意义？
已经有15人回复
- 分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题
已经有4人回复
- 自相关函数的问题（autocorrelation function）
已经有5人回复
- 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
已经有12人回复
- 碳纳米管MD模拟中积分时间步长选取时存在的问题
已经有15人回复
- 分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
- gromacs 模拟出现周期性问题
已经有6人回复
- 分子动力学能量守恒的相关问题
已经有18人回复
- 时间步长设置，截断半径设置
已经有6人回复
- 分子模拟的关于势函数以及初始构型的几个小问题
已经有15人回复
- MS在模拟高分子构象不对！
已经有19人回复
- 金属酶与小分子对接出现问题如何解决
已经有8人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- lammps的时间步长问题
已经有16人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】2个cpmd问题，一个是时间步长，一个是ficitious electronic mass！
已经有11人回复
- 【讨论】关于md中系统稳定的问题
已经有10人回复
- 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
已经有11人回复
转基因猴子
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 3791.5
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 784
- 在线: 277.7小时
- 虫号: 450786
- 注册: 2007-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
2楼2014-08-25 13:10:56
sciencejoy
新虫 (著名写手)
- 应助: 436 (硕士)
- 金币: 11207.1
- 红花: 90
- 帖子: 2974
- 在线: 498小时
- 虫号: 802149
- 注册: 2009-07-02
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
3楼2014-08-25 14:09:30
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
snchenge8778: 回帖置顶 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-08-28 09:09:24
感谢参与，应助指数 +1
snchenge8778: 回帖置顶 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-08-28 09:09:24
|
1、没必要设置那么长 2、计算机资源不够 关于分子动力学时长的设定 分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。 分子动力学 但是通常情况下，体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动，而这种运动对计算某些 宏观性质 并不产生影响，因此就产生了屏蔽分子内部振动或其他无关运动的约束动力学，约束动力学可以有效地增长分子动力学模拟的时间步长，提高搜索相空间的能力。 |
4楼2014-08-26 14:11:38
pkuchemistry
捐助贵宾 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 2620.4
- 散金: 1153
- 红花: 26
- 帖子: 2473
- 在线: 847.6小时
- 虫号: 329690
- 注册: 2007-03-23
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
5楼2014-08-27 09:20:43
40