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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟的时间问题
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snchenge8778

木虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟的时间问题

我想问一下为什么分子动力学模拟的时间设置只有P秒呢？为什么不能设置几个小时？
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1楼 2014-08-25 10:07:30
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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snchenge8778: 金币+1 2014-08-27 16:13:04
snchenge8778: 金币+1 2014-08-27 16:13:24
可以的，用超级计算机模拟个很长很长的时间就可以
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我还年轻，我要上路！
2楼2014-08-25 13:10:56
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
snchenge8778: 金币+1 2014-08-27 16:13:14
答案很简单，现在根本做不到那么长时间
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3楼2014-08-25 14:09:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

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snchenge8778: 回帖置顶 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-08-28 09:09:24
1、没必要设置那么长
2、计算机资源不够

关于分子动力学时长的设定
分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。
分子动力学
但是通常情况下，体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动，而这种运动对计算某些 宏观性质 并不产生影响，因此就产生了屏蔽分子内部振动或其他无关运动的约束动力学，约束动力学可以有效地增长分子动力学模拟的时间步长，提高搜索相空间的能力。
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-08-26 14:11:38
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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snchenge8778: 金币+2 2014-08-27 16:13:39
为什么是皮秒啊？一般的机器都能跑到几十ns吧？现在的super machine能跑到毫秒了已经接近秒了。也就是说更接近实际情况了。你知道原子的运动在毫秒级别是个什么概念么。。。。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2014-08-27 09:20:43
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