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snchenge8778木虫 (小有名气)
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分子模拟的时间问题
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| 我想问一下为什么分子动力学模拟的时间设置只有P秒呢？为什么不能设置几个小时？ |
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【答案】应助回帖
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snchenge8778: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-08-28 09:09:24
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snchenge8778: 回帖置顶 2014-08-28 09:06:08
snchenge8778: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2014-08-28 09:09:24
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1、没必要设置那么长 2、计算机资源不够 关于分子动力学时长的设定 分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。 分子动力学 但是通常情况下，体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动，而这种运动对计算某些 宏观性质 并不产生影响，因此就产生了屏蔽分子内部振动或其他无关运动的约束动力学，约束动力学可以有效地增长分子动力学模拟的时间步长，提高搜索相空间的能力。 |
4楼2014-08-26 14:11:38
pkuchemistry
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