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lou1984

金虫 (正式写手)

[求助] 金属酶与小分子对接出现问题如何解决

金属酶和配体小分子对接时，grid那一步提示“These atoms have zero charge：Zn Zn” 不知怎样才能让它们带上2价正电荷？
这样如何解决啊

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1楼 2012-04-26 15:28:18
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-26 17:13:00
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:02
单纯要改很容易，用记事本打开pdbqt文件，找到ZN在的行，把对应电荷的o改成2就可以了~但是这样做出的结果准确与否。。实在不敢说啥~做金属酶对接的最好的还是gold软件，不过是商业的
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2楼2012-04-26 16:36:31
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-26 18:29:36
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:10
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献
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3楼2012-04-26 17:48:54
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lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-04-26 17:48:54:
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献

能给个链接吗？
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4楼2012-04-26 20:55:29
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-26 21:11:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by lou1984 at 2012-04-26 20:55:29:
能给个链接吗？

其实 autodock的很多资源都在观望上呢 很多问题都是能解答的 ，给你这个链接，好好看看吧http://autodock.scripps.edu/news ... ?searchterm=metal+i
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5楼2012-04-26 21:03:47
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lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-04-26 21:03:47:
其实 autodock的很多资源都在观望上呢 很多问题都是能解答的 ，给你这个链接，好好看看吧http://autodock.scripps.edu/news/successfully-docking-to-proteins-with-metal-ions?searchterm=metal+i

谢谢啊，我才刚刚学习这个，以后多向你请教，能留个联系方式吗？通过pm吧！
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6楼2012-04-26 21:06:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-27 08:20:14
引用回帖:
4楼: Originally posted by lou1984 at 2012-04-26 20:55:29:
能给个链接吗？

http://www.sciencedirect.com/sci ... i/S1093326303001864
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7楼2012-04-26 21:10:40
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lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-26 21:10:40:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1093326303001864

非常感谢啊！
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8楼2012-04-26 21:17:43
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lyn3400189

银虫 (正式写手)
这个问题解决了吗

发自小木虫Android客户端
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9楼2017-08-25 11:12:06
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