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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 金属酶与小分子对接出现问题如何解决
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lou1984

金虫 (正式写手)

[求助] 金属酶与小分子对接出现问题如何解决

金属酶和配体小分子对接时，grid那一步提示“These atoms have zero charge：Zn Zn” 不知怎样才能让它们带上2价正电荷？
这样如何解决啊

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1楼2012-04-26 15:28:18
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lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-26 21:10:40:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1093326303001864

非常感谢啊！
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8楼2012-04-26 21:17:43
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-26 17:13:00
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:02
单纯要改很容易，用记事本打开pdbqt文件，找到ZN在的行，把对应电荷的o改成2就可以了~但是这样做出的结果准确与否。。实在不敢说啥~做金属酶对接的最好的还是gold软件，不过是商业的
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-26 16:36:31
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-26 18:29:36
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:10
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献
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3楼2012-04-26 17:48:54
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lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-04-26 17:48:54:
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献

能给个链接吗？
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4楼2012-04-26 20:55:29
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