应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 金属酶与小分子对接出现问题如何解决
51/1返回列表
查看: 1481  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lou1984

金虫 (正式写手)

[求助] 金属酶与小分子对接出现问题如何解决

金属酶和配体小分子对接时，grid那一步提示“These atoms have zero charge：Zn Zn” 不知怎样才能让它们带上2价正电荷？
这样如何解决啊

11
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-04-26 15:28:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-26 21:10:40:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1093326303001864

非常感谢啊！
回复此楼
8楼2012-04-26 21:17:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-26 17:13:00
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:02
单纯要改很容易，用记事本打开pdbqt文件，找到ZN在的行，把对应电荷的o改成2就可以了~但是这样做出的结果准确与否。。实在不敢说啥~做金属酶对接的最好的还是gold软件，不过是商业的
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-26 16:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-26 18:29:36
lou1984: 金币+10, ★有帮助 2012-04-26 20:55:10
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2012-04-26 17:48:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lou1984

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuhaigang at 2012-04-26 17:48:54:
我做的也是含有锌离子的金属酶，我一般是这么做的：有相关的文献报道，zn离子的金属酶电荷为0.95e，在autodock的源文件中修改zn的参数，半径还有其他的数据有相关的设置的。在autodock官网上有那篇文献

能给个链接吗？
回复此楼
4楼2012-04-26 20:55:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭