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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 真菌多样性研究中引物选择问题~~~
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琢研

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌多样性研究中引物选择问题~~~已有3人参与

小妹初涉分子，将做真菌多样性研究，采用高通量方法，有如下疑问向各位大虾请教：1、这个方法选用18S还是ITS作为引物的结果更准确啊？2、因为我们实验室之前未涉及分子方面的研究，土壤样品采回后一部分用于分析理化，另一部分则储存于-80摄氏度冰箱，最早期的样品接近两年时间，所以想问下--这种低温长时间储存会对结果造成什么样的影响呢？
        谢谢大家~不胜感激~
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1楼2014-08-14 17:23:04
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逍潇

铁杆木虫 (著名写手)
同问，帮顶。不过你的样品-80度放两年，这个时间也太长了吧，对做分子方面的实验多少不利。
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2楼2014-08-14 18:08:36
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琢研

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 逍潇 at 2014-08-14 18:08:36
同问，帮顶。不过你的样品-80度放两年，这个时间也太长了吧，对做分子方面的实验多少不利。

对啊！其实主要想知道影响有多大？得到的结果是否还有用?不然花了大量人力财力物力，结果不能用，那就糟糕了啊？？？    ps:你也是做相关研究的么？？
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3楼2014-08-15 10:26:21
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逍潇

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 琢研 at 2014-08-15 10:26:21
对啊！其实主要想知道影响有多大？得到的结果是否还有用?不然花了大量人力财力物力，结果不能用，那就糟糕了啊？？？    ps:你也是做相关研究的么？？...

是的，不过还没开始，准备要做的。感觉做真菌多样性研究的文章选ITS的似乎多一点。你想知道影响有多大，取个样出来提DNA，看看提的质量如何。
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4楼2014-08-15 12:01:20
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539595873

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
呃，2年。。。。。。估计做不出来什么东西了。。。
如果是做多样性，可以用DGGE，我做海洋底泥细菌多样性就用的这个。18S是测序用的，需要纯品。ITS是什么东西，没用过。。。
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考博的苦逼孩子
5楼2014-08-15 14:17:56
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逍潇

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 539595873 at 2014-08-15 14:17:56
呃，2年。。。。。。估计做不出来什么东西了。。。
如果是做多样性，可以用DGGE，我做海洋底泥细菌多样性就用的这个。18S是测序用的，需要纯品。ITS是什么东西，没用过。。。

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1935213
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6楼2014-08-15 14:44:43
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天52琳

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
多样性的话 可以采用Est SSR RAPD等这些分子标记比较好，ITS是真菌里面最常用的DNA条形码序列，有非常高的赞誉，建议用ITS 18S 用于属以上的系统分析 但目前在真菌里面，利用18S 28S EF1-a RPB1 RPB2 beta-tublin等多基因序列进行分析的比较多
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7楼2014-08-15 20:38:16
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琢研

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 逍潇 at 2014-08-15 12:01:20
是的，不过还没开始，准备要做的。感觉做真菌多样性研究的文章选ITS的似乎多一点。你想知道影响有多大，取个样出来提DNA，看看提的质量如何。...

嗯~~~这个可以有！！！我也还没开始做呢！现在还处于看文献找方法阶段。好捉急的~~
    你课题组有师兄师姐做过相关的么？
    ITS可以做原核生物多样性么？？
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8楼2014-08-16 16:58:02
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琢研

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 天52琳 at 2014-08-15 20:38:16
多样性的话 可以采用Est SSR RAPD等这些分子标记比较好，ITS是真菌里面最常用的DNA条形码序列，有非常高的赞誉，建议用ITS 18S 用于属以上的系统分析 但目前在真菌里面，利用18S 28S EF1-a RPB1 RPB2 beta-tublin等 ...

O(∩_∩)O谢谢~初入分子~脑补中！！！受教啦~~~
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9楼2014-08-16 17:07:06
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逍潇

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 琢研 at 2014-08-16 16:58:02
嗯~~~这个可以有！！！我也还没开始做呢！现在还处于看文献找方法阶段。好捉急的~~
    你课题组有师兄师姐做过相关的么？
    ITS可以做原核生物多样性么？？...

实验室以前没人做啊，老板突然想做这一块。做原核生物比如细菌一般就用16s rDNA了。你做高通量打算用什么测序平台？
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10楼2014-08-16 17:27:29
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