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苹果的把儿

金虫 (初入文坛)

[求助] SSR群体不出带 已有3人参与

大家好,我目前在做SSR的实验,前筛出100多对具有多态性的引物,筛引物时用的是两个亲本和10个后代。最近正在上群体,大概300多份材料,但是许多引物都跑不出带来,而这些引物前期筛选时表现特别好。340多个群体有的有的只出几个,有的出一半。有时甚至亲本都不出带,用的是非变性聚丙烯凝胶电泳。marker每次都很好,应该不是做胶和染色的问题。现在怀疑是PCR的问题,但是想到的因素又都一一排除了。老师很着急要结果。请问有没有这方面经验的高手,给指点一下呗,不胜感谢!拜托拜托!

SSR群体不出带
这是筛引物时的图片,前两个是亲本,后面是后代


SSR群体不出带-1
这是这个引物上群体的照片(部分群体),前两个为亲本
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泰州木虫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
苹果的把儿(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:51:51
你确定DNA模板没有问题么?看这有的出带,有的没有,貌似是模板的质量问题啊。
还有就是引物有的时候,长时间4度保存也会有影响。
意见仅供参考
just do it!
3楼2014-08-14 12:50:02
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liweiwei0812

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


苹果的把儿(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:52:04
先挑一对有问题的引物,重新合成一下,用新引物实验看还有没有问题,如果还是有问题,就要怀疑模板的事儿了,是不是含杂质太多抑制了PCR反应?或者换一支新酶。
4楼2014-08-15 15:57:04
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yangxy04

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据电泳结果来看,同一引物PCR后的结果中部分结果无条带,推测是DNA模板出现问题(可能纯度差或浓度特别低)。建议核酸提纯后,分别用核酸蛋白仪和电泳的方式对核酸进行质量检测,合格了再进行PCR扩增。
如果题主材料样本量多,需要进行PCR筛检的话,可以考虑采用直接PCR的方式进行检测。省去了核酸提取 的步骤,可以节约你的时间,减少劳动量。目前,福际、thermo、omega等公司都有相应的试剂盒。
祝你实验顺利。
5楼2014-08-20 16:15:57
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