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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » SSR群体不出带
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苹果的把儿

金虫 (初入文坛)

[求助] SSR群体不出带 已有3人参与

大家好，我目前在做SSR的实验，前筛出100多对具有多态性的引物，筛引物时用的是两个亲本和10个后代。最近正在上群体，大概300多份材料，但是许多引物都跑不出带来，而这些引物前期筛选时表现特别好。340多个群体有的有的只出几个，有的出一半。有时甚至亲本都不出带，用的是非变性聚丙烯凝胶电泳。marker每次都很好，应该不是做胶和染色的问题。现在怀疑是PCR的问题，但是想到的因素又都一一排除了。老师很着急要结果。请问有没有这方面经验的高手，给指点一下呗，不胜感谢！拜托拜托！

SSR群体不出带
这是筛引物时的图片，前两个是亲本，后面是后代


SSR群体不出带-1
这是这个引物上群体的照片（部分群体），前两个为亲本
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1楼 2014-07-16 16:22:29
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liuzhen2008

捐助贵宾 (初入文坛)
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2楼2014-08-14 09:36:02
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泰州木虫

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
苹果的把儿(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:51:51
你确定DNA模板没有问题么？看这有的出带，有的没有，貌似是模板的质量问题啊。
还有就是引物有的时候，长时间4度保存也会有影响。
意见仅供参考
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just do it!
3楼2014-08-14 12:50:02
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liweiwei0812

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
苹果的把儿(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:52:04
先挑一对有问题的引物，重新合成一下，用新引物实验看还有没有问题，如果还是有问题，就要怀疑模板的事儿了，是不是含杂质太多抑制了PCR反应？或者换一支新酶。
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4楼2014-08-15 15:57:04
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yangxy04

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

根据电泳结果来看，同一引物PCR后的结果中部分结果无条带，推测是DNA模板出现问题（可能纯度差或浓度特别低）。建议核酸提纯后，分别用核酸蛋白仪和电泳的方式对核酸进行质量检测，合格了再进行PCR扩增。
如果题主材料样本量多，需要进行PCR筛检的话，可以考虑采用直接PCR的方式进行检测。省去了核酸提取 的步骤，可以节约你的时间，减少劳动量。目前，福际、thermo、omega等公司都有相应的试剂盒。
祝你实验顺利。
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5楼2014-08-20 16:15:57
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