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zmrc

新虫 (初入文坛)

[交流] SSR引物的筛选一定要用PAGE胶么?可不可以用琼脂糖胶? 已有8人参与

SSR引物的筛选一定要用PAGE胶么?可不可以用琼脂糖胶?
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Mingn1

金虫 (小有名气)


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没说ssr必须跑page呀?根据扩增片段差异选择呀,一般来说ssr扩增片段差异都比较小,才相差几个碱基,所以初次筛选都用page,如果差异十几个碱基或者更多的话可以再设计成琼脂糖胶

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2013-03-05 08:49:22
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)


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我跑ssr琼脂糖3%,电压170V,0.5倍TBE,1.5小时,条带稍微有点糊,可以辨认,只是不太容易把胶融均匀,太浓了。等会我会去试试4%的琼脂糖,1倍TBE,170V电压
10楼2015-01-10 15:41:58
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普通回帖

owen7777

新虫 (初入文坛)


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page跑出来的更精确吧,个人认为,一般琼脂糖只是用于初次筛选
2楼2013-03-03 20:48:18
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longyh6411

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
琼脂糖分辨率太低太低了,跑PAGE呗,又不难
3楼2013-03-03 22:44:56
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
SSR扩增的目标片段一般都很短(大部分都300bp一下),差异也很小,在琼脂糖胶上很难分辨出多态性。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
4楼2013-03-04 18:43:34
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匿名

用户注销 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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6楼2013-12-04 18:18:34
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wwwyangjie

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我最近在筛选合适的SSR引物,用3.5%的琼脂糖胶,跑的时间比较长,到最后条带很模糊。还有就是起初是一个条带,等到两个小时的时候变成两条带,能帮下忙吗,谢谢
7楼2013-12-10 15:02:19
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by longyh6411 at 2013-03-03 22:44:56
琼脂糖分辨率太低太低了,跑PAGE呗,又不难

可是PAGE太麻烦了,而且固定显色时间太久,不确定性因素比琼脂糖多,大量跑胶工作量就大了。我也很想尝试琼脂糖,博士师姐说在美国实验室里他们都是用琼脂糖跑ssr,条带很漂亮,来这跟大家交流下,怎么样的胶浓度和TBE浓度,还有电压、时间
8楼2015-01-10 15:36:07
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)


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引用回帖:
7楼: Originally posted by wwwyangjie at 2013-12-10 15:02:19
我最近在筛选合适的SSR引物,用3.5%的琼脂糖胶,跑的时间比较长,到最后条带很模糊。还有就是起初是一个条带,等到两个小时的时候变成两条带,能帮下忙吗,谢谢

我用3%的琼脂糖(110ml胶板),170V电压,1h30min,有点模糊,但能辨认。只是胶太浓不容易打均匀
9楼2015-01-10 15:38:17
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