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zmrc

新虫 (初入文坛)

[交流] SSR引物的筛选一定要用PAGE胶么？可不可以用琼脂糖胶？ 已有8人参与

SSR引物的筛选一定要用PAGE胶么？可不可以用琼脂糖胶？
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1楼 2013-03-03 15:32:33
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Mingn1

金虫 (小有名气)
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没说ssr必须跑page呀？根据扩增片段差异选择呀，一般来说ssr扩增片段差异都比较小，才相差几个碱基，所以初次筛选都用page,如果差异十几个碱基或者更多的话可以再设计成琼脂糖胶

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-03-05 08:49:22
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)
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我跑ssr琼脂糖3%，电压170V，0.5倍TBE，1.5小时，条带稍微有点糊，可以辨认，只是不太容易把胶融均匀，太浓了。等会我会去试试4%的琼脂糖，1倍TBE，170V电压
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10楼2015-01-10 15:41:58
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owen7777

新虫 (初入文坛)
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page跑出来的更精确吧，个人认为，一般琼脂糖只是用于初次筛选
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2楼2013-03-03 20:48:18
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longyh6411

金虫 (小有名气)
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琼脂糖分辨率太低太低了，跑PAGE呗，又不难
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3楼2013-03-03 22:44:56
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游侠892

铁杆木虫 (著名写手)
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SSR扩增的目标片段一般都很短（大部分都300bp一下），差异也很小，在琼脂糖胶上很难分辨出多态性。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索
4楼2013-03-04 18:43:34
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匿名

用户注销 (职业作家)
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6楼2013-12-04 18:18:34
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wwwyangjie

新虫 (初入文坛)
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我最近在筛选合适的SSR引物，用3.5%的琼脂糖胶，跑的时间比较长，到最后条带很模糊。还有就是起初是一个条带，等到两个小时的时候变成两条带，能帮下忙吗，谢谢
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7楼2013-12-10 15:02:19
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by longyh6411 at 2013-03-03 22:44:56
琼脂糖分辨率太低太低了，跑PAGE呗，又不难

可是PAGE太麻烦了，而且固定显色时间太久，不确定性因素比琼脂糖多，大量跑胶工作量就大了。我也很想尝试琼脂糖，博士师姐说在美国实验室里他们都是用琼脂糖跑ssr，条带很漂亮，来这跟大家交流下，怎么样的胶浓度和TBE浓度，还有电压、时间
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8楼2015-01-10 15:36:07
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笑熬酱糊

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by wwwyangjie at 2013-12-10 15:02:19
我最近在筛选合适的SSR引物，用3.5%的琼脂糖胶，跑的时间比较长，到最后条带很模糊。还有就是起初是一个条带，等到两个小时的时候变成两条带，能帮下忙吗，谢谢

我用3%的琼脂糖（110ml胶板），170V电压，1h30min，有点模糊，但能辨认。只是胶太浓不容易打均匀
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9楼2015-01-10 15:38:17
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