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IMichaelhan木虫 (小有名气)
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[求助]
求大侠帮忙关于引物设计的 已有1人参与
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下面两个引物是我设计的，我要扩的是5K左右的产物，这种长的产物不好扩增，已经跑了6对引物了，结果不是一片模糊就是特异性不强。对于我一个初学者来说这是最艰难的了，好歹也让我做出来一个再给我出难题吧。图1是我设计的，按照说明一步一步来的，结果hairpin, dimer, false primer, cross dimer这四种情况在结果中都有，图1就是我挑出来的最后的情况了，但是dimer的△G=-4.9，好像△G的绝对值不能超过4.5的，我也不知道那个影响有多大。图2是我把引物长度改变后，又选择的是automatic，然后出来最理想情况，但是师姐们说的一般都选择的是manual，我也不知道automatic和manual的影响有多大，还有引物长度是都选择22加减2的范围吗？ 希望大侠能回答的以下一些困扰我已久的问题： 1、hairpin, dimer, false primer, cross dimer如果不可避免怎么办？△G值不能超过多少？ 2、设计引物时是选择automatic还是manual，选择不同有什么影响？ 3、扩5K、10K产物引物长度设在多少合适？ 4、我还能不能做出来？  360截图20140706203938062.jpg  2.jpg |
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