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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对蛋白质晶体结构进行gromacs水环境下对分子动力学模拟,出现错误
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fullhouses

银虫 (初入文坛)

[求助] 对蛋白质晶体结构进行gromacs水环境下对分子动力学模拟,出现错误已有1人参与

对蛋白质晶体结构进行gromacs水环境下对分子动力学模拟,才第一步pdb2gmx就出现错误:
   Residue 'TYS' not found in residue topology database
    用的是GROMACS96力场,我查过Gomacs的ERROR 部分,看了原因和解决方法,现在是不知道怎样修改文件,将'TYS'加到.rytp文件中.求助大家,谢谢!
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hi,everygus！
1楼2014-07-04 11:16:01
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小许高年级

新虫 (初入文坛)
请问同学最后您解决了吗？ 我现在也遇到这样的问题， 如果您解决了的话，请告知。

发自小木虫IOS客户端
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MD小白
3楼2020-06-23 14:39:07
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fullhouses(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-08 16:25:34
蛋白质氨基酸结构残缺，对蛋白质进行模建补全，要是离活性口袋或者你要跑动力学的活性位点远的话可以直接删掉这部分结构
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莫问前程有归，但求今生无悔
2楼2014-07-04 17:15:52
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