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[求助]
amber12做分子动力学antechamber求助！！ 已有1人参与
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各位大神求助啊！我在用amber12的准备小分子的参数文件时，antechamber后一直出现这个warning： Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time 下面附上小分子的pdb文件，我这个分子是带电的，官网上的分子是不带电的不会出现这样的问题。想请教各位大神这个带点分子的原子类型能否被amber12识别？或者小分子的pdb文件是否要进一步优化之后再进行antechamber？ 有做过类似体系的求解救啊  |
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