| 查看: 728 | 回复: 2 | ||
[求助]
amber12做分子动力学antechamber求助！！ 已有1人参与
|
|
各位大神求助啊！我在用amber12的准备小分子的参数文件时，antechamber后一直出现这个warning： Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time 下面附上小分子的pdb文件，我这个分子是带电的，官网上的分子是不带电的不会出现这样的问题。想请教各位大神这个带点分子的原子类型能否被amber12识别？或者小分子的pdb文件是否要进一步优化之后再进行antechamber？ 有做过类似体系的求解救啊  |
回复此楼» 猜你喜欢
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有2人回复
-
070200求调剂，一志愿某211，288分
已经有18人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有187人回复
-
法国博士后职位
已经有0人回复
-
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入机器视觉与3D光学成像课题组。
已经有0人回复
-
**
已经有1人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有0人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- amber怎么处理模拟前的DNA
已经有10人回复
- 新手请教amber力场问题
已经有3人回复
- gromacs 处理小分子配体，其电荷怎么处理？
已经有8人回复
- 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
已经有12人回复
- Amber 分子动力学 求助！！！！
已经有10人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- 电荷与自旋多重度的问题
已经有5人回复
- 高斯产生小分子参数问题
已经有6人回复
- Amber的轨迹处理问题
已经有3人回复
- 求amber 10 或 amber 11软件
已经有6人回复
- 用amber模拟γ-CD
已经有6人回复
- 使用antechamber生成resp电荷时报错
已经有6人回复
- 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
已经有6人回复
- amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
已经有7人回复
- 使用Amber进行QM/MM动力学模拟
已经有5人回复
- AMBER原子类型怎么修改？
已经有7人回复
- AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- ATP分子力场参数怎么做
已经有4人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
- Amber tools 中的antechamber 必须要在安装了amber11的前体下才能使用么?
已经有4人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
2楼2014-06-28 20:40:00
3楼2018-05-18 11:18:31
