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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质中存在非标准残基的话如何在Gromacs中生成力场
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楼1970-01-01 08:00:00
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢哦 2014-06-23 16:47:55
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-25 13:51:45
Adding a new residue
If you have the need to introduce a new residue into an existing force field so that you can use pdb2gmx, or modify an existing one, there are several files you will need to modify. You must consult the manual for description of the required format. Follow these steps:
Add the residue to the .rtp file for your chosen force field. You might be able to copy an existing residue, rename it and modify it suitably, or you may need to use an external topology generation tool and adapt the results to the .rtp format.
If you need hydrogens to be able to be added to your residue, create an entry in the relevant .hdb file.
If you are introducing new atom types, add them to the atomtypes.atp and ffnonbonded.itp files.
If you require any new bonded types, add them to ffbonded.itp.
Add your residue to residuetypes.dat with the appropriate specification (Protein, DNA, Ion, etc).
If the residue involves special connectivity to other residues, update specbond.dat.
To avoid an issue with grompp, in your new residue do not use the atom names O1, O2, and probably H1, H2 and H3 also. These might otherwise be picked up as atoms from possible peptide termini, which is likely not what you'd want.
这个是Gromacs官网教程讲的，我是按上面的步骤新添的非标准残基。然后看你用的是什么力场，我用的是Gromos96力场，在该力场文件夹下找到.rtp文件，这个文件定义了所有标准残基的信息，在这个文件的末尾手动追加一个你自己的新残基信息。至于新残基你得先手动画一个你自己的残基出来（有很多软件可以画，chem3D , gaussview5）,画完之后记得对这个残基能量最小化一下。保存成PDB格式文件，丢到prodrg2网站上，它会直接生成出你要的拓扑信息，你要按照它生成出的拓扑信息为基准，手动修改成Gromos力场.rtp文件格式（你可以参照.rtp文件任何一个氨基酸来修改）。接着再去修改HDB文件，如果你有新的院子类型就得追加atomtypes.atp 文件，没有就不用。最后，在residuetypes.dat上追加你新残基的名字即可。我就是这样手动修改的力场文件。

楼上说的acpype也可以用，支持Gromacs，我也用过。但是前提你得安装Ambertools，装了Ambertool就antechamber了，但是我装起来有点麻烦，我是CENTOS系统，差这个包差那个包，补了半天才装上。还有一个问题，acpype好像是针对全原子力场的，比如opls。而Gromos96是联合力场。。。这个……我就不知道了。。看你模拟的时候，选的哪个力场了。。。
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3楼2014-06-21 19:36:01
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jiazhuamh

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-19 14:48:47
Gromacs做力场很困难，建议使用antechamber做力场，然后用acpype转换成gromacs格式的力场。具体操作请参考antechamber和acpype的tutorial。希望这些能帮到你！

[ 发自小木虫客户端 ]
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所有的未来，赶快都来！
2楼2014-06-18 09:57:06
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