应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?
371/1返回列表
查看: 3085  |  回复: 36
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

smutao

禁虫 (著名写手)

[交流] Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?

最近看到了很多的虫友在问老版本的autodock的问题，
本虫也用过Autodock 4这个版本，相比之下，我更青睐新发布的Autodock Vina.
原因是Vina的操作量更少，更适合新手，
且很多步骤（如最后的结果聚类、设置torsions、merge non-polar hydrogens）也已经built-in.
此外，如果你懂一点dos的批处理或者是linux下的bash shell, 你完全可以用vina做一个简单的虚拟筛选。这个是Autodock 4无法做到的。

简单一句话：
Drop Autodock 4 now and use Autodock Vina instead.

但是，如果你的体系里面的小分子有特殊的要求，比如有虫友有一个NH4+的ionic compound, 在autodock里面会去掉H原子而只剩下N原子。这个时候你不希望去掉这些H原子的时候，你可以考虑以下两个软件：
1、DOCK
2、FlexX(contained in LeadIt now)

Both of them are academic software packages and need request of license.

最后给自己之前的一个帖子打个广告。
Autodock Vina的自编教程-
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6885083&fpage=1



smutao
2014.06.07
mail@iloveprotein.org

==

[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]

==

[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-06-07 15:50:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

seeforme

新虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
深深祝福
回复此楼
3楼2014-06-07 16:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

b729

金虫 (文坛精英)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
Best wishes
回复此楼
5楼2014-06-07 16:21:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchfan

木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主
回复此楼
6楼2014-06-07 16:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heibi

金虫 (文坛精英)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
愿楼主心想事成
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

smutao
7楼2014-06-07 16:23:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niu.bi

木虫 (文坛精英)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
Good luck
回复此楼
8楼2014-06-07 16:24:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木木丁

木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼
11楼2014-06-07 16:37:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

铃儿叮当响05

至尊木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
……

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼
25楼2014-06-07 16:59:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ttmany7788

铁虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
深深祝福
回复此楼
26楼2014-06-07 16:59:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gitme3388

铁虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
Good luck
回复此楼
28楼2014-06-07 17:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jijiji1030

新虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主
回复此楼
29楼2014-06-07 17:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangjiguo

木虫 (职业作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
路过的，瞅瞅！
回复此楼
31楼2014-06-07 17:07:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
34楼2014-06-11 18:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eric211

银虫 (小有名气)
学习中
回复此楼
35楼2015-01-15 09:39:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xpyp

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
FlexX学术免费吗？
赞一下 回复此楼
36楼2015-01-15 20:52:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang360

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
此贴上的内容已经下载，现在还没有来得及看。
赞一下 回复此楼
37楼2016-07-09 17:00:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
boyuehu2楼
2014-06-07 16:18   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
chentao4楼
2014-06-07 16:20   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
唐tjg9楼
2014-06-07 16:31   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
xiaoru98765410楼
2014-06-07 16:36   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
黄智彪12楼
2014-06-07 16:37   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
z
liufan113楼
2014-06-07 16:38   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
jiajia125614楼
2014-06-07 16:38   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
shenerli15楼
2014-06-07 16:38   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
xiangoupei16楼
2014-06-07 16:38   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
SCI-ICS17楼
2014-06-07 16:40   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
nono200918楼
2014-06-07 16:41   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
wangzhao6319楼
2014-06-07 16:44   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
qiaoyingyu20楼
2014-06-07 16:48   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
chenchunya21楼
2014-06-07 16:52   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
朱雪刚52122楼
2014-06-07 16:56   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
sjnr23楼
2014-06-07 16:58   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
benbenxinx24楼
2014-06-07 16:58   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
听雪飞天27楼
2014-06-07 17:00   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
肖聿殳30楼
2014-06-07 17:03   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
yuhen199132楼
2014-06-07 17:12   回复  
smutao33楼
2014-06-11 18:17   回复  
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by heibi at 2014-06-07 16:23:32 愿楼主心想事成

相关版块跳转 我要订阅楼主 smutao 的主题更新
371/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 314求调剂 +8 xhhdjdjsjks 2026-04-09 8/400 2026-04-09 16:21 by 小张尿床
[考研] 材料复试求调剂 +5 xhhdjdjsjks 2026-04-09 5/250 2026-04-09 16:11 by wp06
[考研] 0854调剂 +8 长弓傲 2026-04-09 9/450 2026-04-09 14:37 by zhyzzh
[考研] 0703化学求调剂 +20 不知名的小卅 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 10:50 by 猪会飞
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 一志愿北京2，材料与化工308求调剂 +17 熊二想上岸 2026-04-04 18/900 2026-04-09 09:13 by leyan1127
[考研] 材料专硕调剂 +15 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 16/800 2026-04-09 08:33 by byk122723822
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +6 babu2015 2026-04-08 6/300 2026-04-09 08:14 by kudofaye
[考研] 325分化学调剂 +9 15771691647 2026-04-02 9/450 2026-04-08 19:21 by ruoyu867
[考研] 0703调剂，一志愿天津大学319分 +23 haaaabcd 2026-04-05 26/1300 2026-04-08 16:19 by luoyongfeng
[考研] 材料调剂 +13 汉123456 2026-04-07 14/700 2026-04-07 22:53 by 来看流星雨10
[考研] 生物学求调剂 +5 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-06 11:56 by lijunpoly
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
[考研] 求 +5 化工专硕323分 2026-04-04 5/250 2026-04-05 08:02 by 544594351
[考研] 283求调剂 +4 mcbbc 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:51 by imissbao
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 机械专硕297 +3 Afksy 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:24 by 1753564080
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭