| 查看: 2982 | 回复: 36 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
[交流]
Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?
|
||||
|
最近看到了很多的虫友在问老版本的autodock的问题， 本虫也用过Autodock 4这个版本，相比之下，我更青睐新发布的Autodock Vina. 原因是Vina的操作量更少，更适合新手， 且很多步骤（如最后的结果聚类、设置torsions、merge non-polar hydrogens）也已经built-in. 此外，如果你懂一点dos的批处理或者是linux下的bash shell, 你完全可以用vina做一个简单的虚拟筛选。这个是Autodock 4无法做到的。 简单一句话： Drop Autodock 4 now and use Autodock Vina instead. 但是，如果你的体系里面的小分子有特殊的要求，比如有虫友有一个NH4+的ionic compound, 在autodock里面会去掉H原子而只剩下N原子。这个时候你不希望去掉这些H原子的时候，你可以考虑以下两个软件： 1、DOCK 2、FlexX(contained in LeadIt now) Both of them are academic software packages and need request of license. 最后给自己之前的一个帖子打个广告。 Autodock Vina的自编教程- http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6885083&fpage=1 smutao 2014.06.07 mail@iloveprotein.org == [ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ] == [ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Autodock |
» 猜你喜欢
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
有70后还继续奋斗在职场上的吗？
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有5人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
已经有12人回复
- autodock的结合能是只能横向比较吗？
已经有12人回复
- Autodock 跑一次找100个构象和跑10次每次跑10个构象是一样的吗？
已经有5人回复
- Autodock 无法识别氯 ？
已经有7人回复
- 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
已经有8人回复
- 求教AutoDock里的inhib_constant是什么常数？
已经有4人回复
- autodock什么时候存在pi-pi interations？
已经有9人回复
- 刚安装的autodock运行时为什么闪一下就不见了？
已经有4人回复
- autodock对接怎样添加杂原子铜呢？
已经有5人回复
- autodock 运行有错误，请高手指点？结果见图
已经有8人回复
- 谁有Autodock较新版本软件，可安装于Linex系统？
已经有7人回复
- Autodock 软件模拟需要多长时间？
已经有3人回复
- autodock 4 对接中考虑水分子吗？
已经有4人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- AutoDock的安装？
已经有7人回复
- 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
已经有9人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】Autodock运行时无法生成log文件？
已经有12人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【求助】Autodock的配体处理求助？
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
香港岭南大学郭瑛课题组博士招生 (2026年秋季入学）
+1/185
-
Postdoctoral Research Fellow Position in Causal Inference Weill CorneIl Medicine
+1/92
-
天津科技大学邓启良教授团队 招收2026年博士生
+1/80
-
结构动力学与结构健康监测方向欧盟玛丽居里全奖博士招聘
+1/78
-
诚聘 有机光电材料计算方向 博士后、科研助理、访问学生
+1/75
-
香港科技大学计算物理及流体力学课题组招收全奖博士后及博士生（2026年9月入学）
+1/41
-
香港科技大学计算物理及流体力学课题组招收全奖博士后及博士生（2026年9月入学）
+1/36
-
操作求助
+1/35
-
南方医科大学生物医学工程学院招收申请考核制博士生2名、博士后2名（2026）
+1/31
-
上海市“光探测材料与器件”工程技术研究中心（上海应用技术大学）招聘优秀研究人员
+1/28
-
中科院深圳先进院-免疫治疗方向-招收1名博士生(26年9月入学)
+1/13
-
西班牙巴塞罗那访学、博后、留学互动
+1/10
-
太原理工大学集成电路学院院长团队招收2026年博士研究生
+1/7
-
求资源
+1/7
-
加氢裂化
+1/5
-
山东第一医科大学第一附属医院招聘事业编制科研岗
+1/5
-
广东省智能院与澳门大学/澳门理工联培博士招生
+1/4
-
【博士后/科研助理招聘-北京理工大学-集成电路与电子学院-国家杰青团队】
+1/3
-
澳科大诚招2026年秋季全奖博士研究生（药剂学/生物材料方向）
+1/1
-
电子科技大学 电子科学与工程学院 杨青慧教授 2026年招博士研究生数名
+1/1
3楼2014-06-07 16:20:20
5楼2014-06-07 16:21:21
6楼2014-06-07 16:21:24
7楼2014-06-07 16:23:32
8楼2014-06-07 16:24:33
11楼2014-06-07 16:37:21
25楼2014-06-07 16:59:28
26楼2014-06-07 16:59:52
28楼2014-06-07 17:00:53
29楼2014-06-07 17:00:55
31楼2014-06-07 17:07:45
|
本帖内容被屏蔽 |
34楼2014-06-11 18:17:59
35楼2015-01-15 09:39:04
36楼2015-01-15 20:52:19
37楼2016-07-09 17:00:49
简单回复
boyuehu2楼
2014-06-07 16:18
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
chentao4楼
2014-06-07 16:20
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
唐tjg9楼
2014-06-07 16:31
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
xiaoru98765410楼
2014-06-07 16:36
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
黄智彪12楼
2014-06-07 16:37
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
z
liufan113楼
2014-06-07 16:38
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
jiajia125614楼
2014-06-07 16:38
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
shenerli15楼
2014-06-07 16:38
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
xiangoupei16楼
2014-06-07 16:38
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
SCI-ICS17楼
2014-06-07 16:40
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
nono200918楼
2014-06-07 16:41
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
wangzhao6319楼
2014-06-07 16:44
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
qiaoyingyu20楼
2014-06-07 16:48
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
chenchunya21楼
2014-06-07 16:52
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
朱雪刚52122楼
2014-06-07 16:56
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
sjnr23楼
2014-06-07 16:58
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
benbenxinx24楼
2014-06-07 16:58
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
听雪飞天27楼
2014-06-07 17:00
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
肖聿殳30楼
2014-06-07 17:03
回复
smutao(金币+2): 谢谢参与
yuhen199132楼
2014-06-07 17:12
回复
smutao33楼
2014-06-11 18:17
回复
送红花一朵