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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?
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smutao

禁虫 (著名写手)

[交流] Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?

最近看到了很多的虫友在问老版本的autodock的问题，
本虫也用过Autodock 4这个版本，相比之下，我更青睐新发布的Autodock Vina.
原因是Vina的操作量更少，更适合新手，
且很多步骤（如最后的结果聚类、设置torsions、merge non-polar hydrogens）也已经built-in.
此外，如果你懂一点dos的批处理或者是linux下的bash shell, 你完全可以用vina做一个简单的虚拟筛选。这个是Autodock 4无法做到的。

简单一句话：
Drop Autodock 4 now and use Autodock Vina instead.

但是，如果你的体系里面的小分子有特殊的要求，比如有虫友有一个NH4+的ionic compound, 在autodock里面会去掉H原子而只剩下N原子。这个时候你不希望去掉这些H原子的时候，你可以考虑以下两个软件：
1、DOCK
2、FlexX(contained in LeadIt now)

Both of them are academic software packages and need request of license.

最后给自己之前的一个帖子打个广告。
Autodock Vina的自编教程-
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6885083&fpage=1



smutao
2014.06.07
mail@iloveprotein.org

==

[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]

==

[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]
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1楼 2014-06-07 15:50:15
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seeforme

新虫 (知名作家)
★
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3楼2014-06-07 16:20:20
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b729

金虫 (文坛精英)
★
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5楼2014-06-07 16:21:21
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muchfan

木虫 (知名作家)
★
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祝福楼主
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6楼2014-06-07 16:21:24
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heibi

金虫 (文坛精英)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
愿楼主心想事成
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smutao
7楼2014-06-07 16:23:32
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niu.bi

木虫 (文坛精英)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
Good luck
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8楼2014-06-07 16:24:33
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木木丁

木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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11楼2014-06-07 16:37:21
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铃儿叮当响05

至尊木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
……

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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25楼2014-06-07 16:59:28
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ttmany7788

铁虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
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26楼2014-06-07 16:59:52
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gitme3388

铁虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
Good luck
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28楼2014-06-07 17:00:53
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jijiji1030

新虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主
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29楼2014-06-07 17:00:55
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tangjiguo

木虫 (职业作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
路过的，瞅瞅！
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31楼2014-06-07 17:07:45
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
34楼2014-06-11 18:17:59
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eric211

银虫 (小有名气)
学习中
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35楼2015-01-15 09:39:04
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xpyp

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
FlexX学术免费吗？
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36楼2015-01-15 20:52:19
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zhang360

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
此贴上的内容已经下载，现在还没有来得及看。
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37楼2016-07-09 17:00:49
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boyuehu2楼
2014-06-07 16:18   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
chentao4楼
2014-06-07 16:20   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
唐tjg9楼
2014-06-07 16:31   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
xiaoru98765410楼
2014-06-07 16:36   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福
黄智彪12楼
2014-06-07 16:37   回复  
smutao(金币+2): 谢谢参与
z
liufan113楼
2014-06-07 16:38   回复  
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jiajia125614楼
2014-06-07 16:38   回复  
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shenerli15楼
2014-06-07 16:38   回复  
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xiangoupei16楼
2014-06-07 16:38   回复  
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SCI-ICS17楼
2014-06-07 16:40   回复  
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nono200918楼
2014-06-07 16:41   回复  
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wangzhao6319楼
2014-06-07 16:44   回复  
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qiaoyingyu20楼
2014-06-07 16:48   回复  
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chenchunya21楼
2014-06-07 16:52   回复  
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朱雪刚52122楼
2014-06-07 16:56   回复  
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sjnr23楼
2014-06-07 16:58   回复  
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benbenxinx24楼
2014-06-07 16:58   回复  
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听雪飞天27楼
2014-06-07 17:00   回复  
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肖聿殳30楼
2014-06-07 17:03   回复  
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yuhen199132楼
2014-06-07 17:12   回复  
smutao33楼
2014-06-11 18:17   回复  
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by heibi at 2014-06-07 16:23:32 愿楼主心想事成

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