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Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?
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最近看到了很多的虫友在问老版本的autodock的问题， 本虫也用过Autodock 4这个版本，相比之下，我更青睐新发布的Autodock Vina. 原因是Vina的操作量更少，更适合新手， 且很多步骤（如最后的结果聚类、设置torsions、merge non-polar hydrogens）也已经built-in. 此外，如果你懂一点dos的批处理或者是linux下的bash shell, 你完全可以用vina做一个简单的虚拟筛选。这个是Autodock 4无法做到的。 简单一句话： Drop Autodock 4 now and use Autodock Vina instead. 但是，如果你的体系里面的小分子有特殊的要求，比如有虫友有一个NH4+的ionic compound, 在autodock里面会去掉H原子而只剩下N原子。这个时候你不希望去掉这些H原子的时候，你可以考虑以下两个软件： 1、DOCK 2、FlexX(contained in LeadIt now) Both of them are academic software packages and need request of license. 最后给自己之前的一个帖子打个广告。 Autodock Vina的自编教程- http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6885083&fpage=1 smutao 2014.06.07 mail@iloveprotein.org == [ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ] == [ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ] |
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