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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?
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smutao

禁虫 (著名写手)

[交流] Why using older versions of Autodock? Why not using Autodock Vina?

最近看到了很多的虫友在问老版本的autodock的问题，
本虫也用过Autodock 4这个版本，相比之下，我更青睐新发布的Autodock Vina.
原因是Vina的操作量更少，更适合新手，
且很多步骤（如最后的结果聚类、设置torsions、merge non-polar hydrogens）也已经built-in.
此外，如果你懂一点dos的批处理或者是linux下的bash shell, 你完全可以用vina做一个简单的虚拟筛选。这个是Autodock 4无法做到的。

简单一句话：
Drop Autodock 4 now and use Autodock Vina instead.

但是，如果你的体系里面的小分子有特殊的要求，比如有虫友有一个NH4+的ionic compound, 在autodock里面会去掉H原子而只剩下N原子。这个时候你不希望去掉这些H原子的时候，你可以考虑以下两个软件：
1、DOCK
2、FlexX(contained in LeadIt now)

Both of them are academic software packages and need request of license.

最后给自己之前的一个帖子打个广告。
Autodock Vina的自编教程-
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6885083&fpage=1



smutao
2014.06.07
mail@iloveprotein.org

==

[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]

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[ Last edited by smutao on 2014-10-1 at 07:38 ]
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1楼 2014-06-07 15:50:15
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铃儿叮当响05

至尊木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
……

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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25楼2014-06-07 16:59:28
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木木丁

木虫 (知名作家)
★
smutao(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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11楼2014-06-07 16:37:21
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