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416158716金虫 (小有名气)
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[求助]
单模板同源模建时如何选择二聚体蛋白结构的问题
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求指导，现在需要进行单模板的同源模建，已经找到了目标蛋白的序列1280aa，同时也从文献上找到参考模板，但现在是参考模板是一个二聚体结构，包含A链和B链，各条链和目标蛋白的序列相似性达87%，现在有一个问题是到底如何选择这个参考模板的哪个部分结构，A链或B链？有什么准则吗？ 参考外文选择A链，但是以A链的SWISS-model 或easymodeller，或DS同源模建后，发现构象有部分变形了，而以B链则模建构象与原构象相差不大。难道这个和原先骨架的构象有关？做了A链和B链的序列对比，相似度达99.3%，这个应该说两者的序列和构型都很接近，我就是不明白为什么同源模建后的构象变形了。 望懂的给我的指导，谢谢。 |
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