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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序中如何利用paired-end reads进行补洞？
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序中如何利用paired-end reads进行补洞？

我最近在学习转录组拼接的过程，有以下几个问题希望解答：
1. 获得Contig后，如何通过paired-end reads来确定来自同一转录本的不同Contig以及这些Contig之间的距离？从而得到scaffold。
2. 如何利用paired-end reads对Scaffold做补洞处理，从而最后得到含N最少，两端不能再延长的序列，即Unigene

在PE100中paired-end reads不就是100bp的序列吗，为什么都补这么多的洞呢，如何实现的呢？谢谢！
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1楼 2014-04-02 13:26:06
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
自己顶一下
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2楼2014-04-03 10:05:57
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
没有人知道吗？
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3楼2014-04-14 08:41:32
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