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菜菜0929

木虫 (小有名气)

[求助] 怎样获得反向序列 已有2人参与

我的电脑装不上primer5,装了一个primer6,但是primer6粘贴序列的时候,没有反向、方向互补的选项,请教primer6上怎么得到反向序列?或者其他软件也行,只是除了primer5
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-17 10:26:18
菜菜0929: 金币+2, 谢谢 2014-03-17 14:21:44
关于普通PCR的引物设计,老板总会说:你要知道,你比软件聪明多了。还用什么设计软件?

在目标区域的侧翼序列观察剪辑分布均匀的18-25bp小片段,注意引物之内和之间不能有连续4个碱基互补,3‘端不能连续3个碱基互补,最后一个碱基最好不是A;然后,将引物用NCBI数据库Blast,查看引物特异性,引物3‘端不断移动,直至寻找到特异性的引物为止。但反向序列要反转,可选用DNAMAN,DNAStar辅助,眼疾手快的也可自行手写,20多bp而已。

PS:引物合成也不值几个钱了,即使一时半会不行,多实践几次就上手了。
2楼2014-03-16 18:51:54
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-03-16 18:51:54
关于普通PCR的引物设计,老板总会说:你要知道,你比软件聪明多了。还用什么设计软件?

在目标区域的侧翼序列观察剪辑分布均匀的18-25bp小片段,注意引物之内和之间不能有连续4个碱基互补,3‘端不能连续3个碱基 ...

哦,我关键是测序出来的序列,有3‘-5’方向的和5‘-3’方向的,一批,要是自己一个一个找就麻烦了点
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
3楼2014-03-16 19:15:34
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2014-03-16 19:15:34
哦,我关键是测序出来的序列,有3‘-5’方向的和5‘-3’方向的,一批,要是自己一个一个找就麻烦了点...

测序结果分析?——不是很懂“一个一个找”是什么意思,你不是用参考序列吗?用DNAMAN等软件,用多序列比对就行了。
4楼2014-03-16 19:35:15
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-03-16 19:35:15
测序结果分析?——不是很懂“一个一个找”是什么意思,你不是用参考序列吗?用DNAMAN等软件,用多序列比对就行了。...

不是,我做了转录组测序,基因序列已知,直接用测序出来的序列设计引物就可以了,不需要去比对的,可是有的序列方向不是5‘-3’,所以我需要反向序列
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
5楼2014-03-16 19:39:53
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-17 10:26:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2014-03-16 19:39:53
不是,我做了转录组测序,基因序列已知,直接用测序出来的序列设计引物就可以了,不需要去比对的,可是有的序列方向不是5‘-3’,所以我需要反向序列...

转炉组测序应该有引物接头序列,不可以依据这个找“反向序列”的吗?——还是引物接头序列本来就没有方向性?
111302a46t4s6tj7ks6gjk.jpg
怎样获得反向序列
111302a46t4s6tj7ks6gjk.jpg

6楼2014-03-16 20:12:13
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-17 10:27:12
菜菜0929: 金币+3, 有帮助, 貌似是正解,不过我已经用了别的方法,没试 2014-03-17 14:22:35
MEGA5.1可以的,File--open a file--选定你的序列全部--utilities--reverse complement
7楼2014-03-16 21:53:21
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-03-16 20:12:13
转炉组测序应该有引物接头序列,不可以依据这个找“反向序列”的吗?——还是引物接头序列本来就没有方向性?
111302a46t4s6tj7ks6gjk.jpg

111302a46t4s6tj7ks6gjk.jpg
...

没你说的那么复杂,类似abcd变成dcba的软件就可以,我用excel弄的
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
8楼2014-03-17 14:20:51
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)

在工具ToolS里面有一个Calculator可以把序列反向,互补等
9楼2017-01-07 15:24:56
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