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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 继续请教几个DNA提取方面的几个问题~~
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legend@xx

铁虫 (小有名气)

[求助] 继续请教几个DNA提取方面的几个问题~~ 已有3人参与

继续请教几个DNA提取方面的几个问题~~

上次在坛子里已经学了很多了，在发现我的染色剂使用错误之后我又重新做了一下。上次的链接：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7023812
实验条件如下：
对象：河水中微生物的总DNA；
电泳条件：0.5%的胶；  
                  M：3微升marker+1微升 SYBR Green I；  
                  样品：3微升样品+1微升 SYBR Green I+1微升 loadingbuffer；
                  90V 30min
PS:  1、2、3和4、5、6是三个样品分别用两种方法做出来的，而7、8、9、10是和4、5、6的样品不一样，但是方法一样的。

现在想请问几个问题：
1. DNA marker最后几条为什么模糊不清？前面的几个很清楚  是否因为胶的浓度太低了，分离不开？
2. 5~9泳道的最后很模糊的一条是RNA吗？因为我的方法里没有加RNA酶。
3. 从图看来的话，我的几个样品后续继续做PCR扩增，然后测高通量的话是可以用的吧？
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GOGOGO
1楼 2014-02-28 17:11:59
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
legend@xx(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-02-28 21:47:30
1.胶浓度低会出现这种情况。
2.最下面是有些RNA。
3.不知道你们做高通量有什么要求，按照要求做吧。
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hehe
2楼2014-02-28 20:55:32
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hutil1543

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-28 23:26:06
legend@xx: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-01 12:30:33
1.胶浓度低了或者电压高了
2.感觉是条带有弥散啊，是不是你提DNA的后续步骤有震荡什么的破坏了DNA的完整性，也有可能是RNA，但是那个应该还要更亮一些，或者所有条带都有，试着以后操作轻柔些。
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3楼2014-02-28 23:20:19
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akatsukiU

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-02-28 20:55:32
1.胶浓度低会出现这种情况。
2.最下面是有些RNA。
3.不知道你们做高通量有什么要求，按照要求做吧。

前辈你好，我刚刚接受一个关于生物领域的实验，其中要用到SYBR Green1 染料，买回来时见包装上写有 20X 500微升的标记，但是我需要的是常规的浓度信息，也就是如何转换成摩尔每升，这个纯属低级问题，烦请前辈指教。
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4楼2014-10-23 20:34:07
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by akatsukiU at 2014-10-23 20:34:07
前辈你好，我刚刚接受一个关于生物领域的实验，其中要用到SYBR Green1 染料，买回来时见包装上写有 20X 500微升的标记，但是我需要的是常规的浓度信息，也就是如何转换成摩尔每升，这个纯属低级问题，烦请前辈指教 ...

20X 500微升的标记表示20ul体系加一微升，具体多大浓度你问一下试剂的售后。
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hehe
5楼2014-10-24 08:22:48
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小鹿3姐

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
legend@xx(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-24 20:57:51
后面的拖尾现象一般都是杂质，我一般在醇沉之前都会加RNA酶37度保温1h，去掉RNA，还有就是提取过程要轻柔以免DNA断裂。从5之后的条带看就是有RNA，应该会影响后面的PCR和高通量，建议用前面的样品。
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6楼2014-10-24 10:19:12
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