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legend@xx

铁虫 (小有名气)

[求助] 水体总DNA,感觉各种不对的情况下跑出来的胶,囧,但是Marker都这样,求教已有3人参与



新手上路,大家轻拍哈~~

对象:河水中微生物的总DNA;
方法:CTAB/蛋白酶
电泳条件:1%的胶;  
                  M:3微升marker+1微升 SYBR Green I;  
                  样品:3微升样品+1微升 SYBR Green I+1微升 loadingbuffer;
                  70V 30min,跑完发现样没动,又用100V 30min又跑了一次。

现在想问:
1.  为什么marker都拖尾这么严重?完全一坨啊。。
2.  第五个样品那一格没有亮光是不是说明DNA没有提取出来啊?顺便问一下,如果是染色剂直接点样的话会亮吗,不太明白?
3.  1、2、3和4、5、6其实是三个样品分别用两种方法做出来的,除了第4个没提出来,5、6很亮,是否可以说第二种方法更适合我的样品呢?
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GOGOGO
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ifyousee

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-26 21:00:32
弱弱的好奇一下,你们的marker是新的还是比较久远的?marker放久了也是会降解的
此外你们用的核酸染料是什么啊?
拍照片的时候可以把曝光时间或是光强度什么的调大一些,让图片亮一些。
2楼2014-02-26 11:23:43
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legend@xx

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ifyousee at 2014-02-26 11:23:43
弱弱的好奇一下,你们的marker是新的还是比较久远的?marker放久了也是会降解的
此外你们用的核酸染料是什么啊?
拍照片的时候可以把曝光时间或是光强度什么的调大一些,让图片亮一些。

marker是刚买的 应该没问题 15000bp的
核酸染料是SYBR Green I
谢谢~~
GOGOGO
3楼2014-02-26 12:19:14
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

引用回帖:
3楼: Originally posted by legend@xx at 2014-02-26 12:19:14
marker是刚买的 应该没问题 15000bp的
核酸染料是SYBR Green I
谢谢~~...

...
    如果我原来老板知道我拿SYBR Green不上定量,而玩普通胶的话,一定会拿砖头拍死我
Let God do with it as He wills
4楼2014-02-26 13:41:38
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legend@xx

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by atlanticwi at 2014-02-26 13:41:38
...
    如果我原来老板知道我拿SYBR Green不上定量,而玩普通胶的话,一定会拿砖头拍死我...

我上次看一个说明上写的是加总体积的十分之一,但我就直接加了1微升,
同学对我的问题有什么指教没。。。
GOGOGO
5楼2014-02-26 14:04:56
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

marker新买的跑这样呀?可能是胶没制好,或者跑的电压太大了。
6楼2014-02-26 20:06:17
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-26 21:00:38
legend@xx: 金币+3 2014-02-28 17:12:34
好差的图啊。。。。
点样孔应该朝上,你的图要向右旋转90°
1.可能是胶做的不好的问题  
2.  第五个样品那一格没有亮光可能是DNA没有提取出来。没有染色剂直接点的吧?你可以在跑完电泳后多染一点时间,脱色后再拍胶
3.  只能说第二种方法比第一种方法更好,但是效果也不是太好,蛋白太多了
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
7楼2014-02-26 20:21:01
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
legend@xx: 金币+2 2014-02-28 17:12:40
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-30 16:39:07
胶没问题的话可能是你的Marker与染料搭配问题

点样孔不亮不一定是没有提出来,量太少也可能观察不到。有时候PCR可以出来条带。关于染色剂你看下其原理就知道了,不过我没试过。

第一种方法量少质量可以(试剂盒?),后一种量很大,杂质多。普通PCR都可以。
学习使你立于不败之地
8楼2014-02-26 23:26:19
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