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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 水体总DNA，感觉各种不对的情况下跑出来的胶，囧，但是Marker都这样，求教
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legend@xx

铁虫 (小有名气)

[求助] 水体总DNA，感觉各种不对的情况下跑出来的胶，囧，但是Marker都这样，求教 已有3人参与



新手上路，大家轻拍哈~~

对象：河水中微生物的总DNA；
方法：CTAB/蛋白酶
电泳条件：1%的胶；  
                  M：3微升marker+1微升 SYBR Green I；  
                  样品：3微升样品+1微升 SYBR Green I+1微升 loadingbuffer；
                  70V 30min，跑完发现样没动，又用100V 30min又跑了一次。

现在想问：
1.  为什么marker都拖尾这么严重？完全一坨啊。。
2.  第五个样品那一格没有亮光是不是说明DNA没有提取出来啊？顺便问一下，如果是染色剂直接点样的话会亮吗，不太明白？
3.  1、2、3和4、5、6其实是三个样品分别用两种方法做出来的，除了第4个没提出来，5、6很亮，是否可以说第二种方法更适合我的样品呢？
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GOGOGO
1楼 2014-02-26 10:51:22
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ifyousee

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-26 21:00:32
弱弱的好奇一下，你们的marker是新的还是比较久远的？marker放久了也是会降解的
此外你们用的核酸染料是什么啊？
拍照片的时候可以把曝光时间或是光强度什么的调大一些，让图片亮一些。
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2楼2014-02-26 11:23:43
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legend@xx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ifyousee at 2014-02-26 11:23:43
弱弱的好奇一下，你们的marker是新的还是比较久远的？marker放久了也是会降解的
此外你们用的核酸染料是什么啊？
拍照片的时候可以把曝光时间或是光强度什么的调大一些，让图片亮一些。

marker是刚买的 应该没问题 15000bp的
核酸染料是SYBR Green I
谢谢~~
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GOGOGO
3楼2014-02-26 12:19:14
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
引用回帖:
3楼: Originally posted by legend@xx at 2014-02-26 12:19:14
marker是刚买的 应该没问题 15000bp的
核酸染料是SYBR Green I
谢谢~~...

...
    如果我原来老板知道我拿SYBR Green不上定量，而玩普通胶的话，一定会拿砖头拍死我
赞一下(2人) 回复此楼
Let God do with it as He wills
4楼2014-02-26 13:41:38
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legend@xx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by atlanticwi at 2014-02-26 13:41:38
...
    如果我原来老板知道我拿SYBR Green不上定量，而玩普通胶的话，一定会拿砖头拍死我...

我上次看一个说明上写的是加总体积的十分之一，但我就直接加了1微升，
同学对我的问题有什么指教没。。。
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GOGOGO
5楼2014-02-26 14:04:56
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)
marker新买的跑这样呀？可能是胶没制好，或者跑的电压太大了。
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6楼2014-02-26 20:06:17
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-26 21:00:38
legend@xx: 金币+3 2014-02-28 17:12:34
好差的图啊。。。。
点样孔应该朝上，你的图要向右旋转90°
1.可能是胶做的不好的问题  
2.  第五个样品那一格没有亮光可能是DNA没有提取出来。没有染色剂直接点的吧？你可以在跑完电泳后多染一点时间，脱色后再拍胶
3.  只能说第二种方法比第一种方法更好，但是效果也不是太好，蛋白太多了
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
7楼2014-02-26 20:21:01
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
legend@xx: 金币+2 2014-02-28 17:12:40
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-30 16:39:07
胶没问题的话可能是你的Marker与染料搭配问题

点样孔不亮不一定是没有提出来，量太少也可能观察不到。有时候PCR可以出来条带。关于染色剂你看下其原理就知道了，不过我没试过。

第一种方法量少质量可以（试剂盒？），后一种量很大，杂质多。普通PCR都可以。
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学习使你立于不败之地
8楼2014-02-26 23:26:19
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