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Crescendo铁杆木虫 (著名写手)
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rDNA-ITS序列分析？ 已有1人参与
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用了一对通用引物（18S，26S）扩增了某一虫子的rDNA-ITS，测序已获得1000bp左右片段。 求教：如何定义所测得的DNA序列中18S、ITS1、5.8S、TIS2和28S在所获得的序列的位置？如NCBI中相关截图所示 谢谢！  0.JPG |
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yuren2009
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4楼2014-02-26 23:14:30
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Crescendo: 金币+5, ★★★很有帮助, 你的回复比较详细。但我有一点不清楚：5.8 S这段序列如何确定呢？ 2014-02-26 15:31:43
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-26 21:02:13
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Crescendo: 金币+5, ★★★很有帮助, 你的回复比较详细。但我有一点不清楚：5.8 S这段序列如何确定呢？ 2014-02-26 15:31:43
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2楼2014-02-26 14:27:49
Crescendo
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yuren2009
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【答案】应助回帖
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Crescendo: 金币+10, ★★★很有帮助, 最终我 是这样解决的：以同物种的18S,5.8S和28S为模板寻找自己测序的分离群体的对应位置。不过依照这样的方法，分析NCBI中其他近似物种，却并非绝对准确，这值得进一步确定。 2014-03-08 07:30:54
Crescendo: 金币+10, ★★★很有帮助, 最终我 是这样解决的：以同物种的18S,5.8S和28S为模板寻找自己测序的分离群体的对应位置。不过依照这样的方法，分析NCBI中其他近似物种，却并非绝对准确，这值得进一步确定。 2014-03-08 07:30:54
| 核糖体DNA中的18S、5.8S和28S的基因组序列在大多数生物中趋于保守,在生物种间变化小（异种同源性大），ITS1,ITS2为非编码区，相对变化较大。一段序列具体到各个基因位置我也不是很清楚，我的理解是：同个物种通过比较序列的保守性也就是通过序列比对或通过编码氨基酸与否确定位置（编码区和非编码区）。 |
5楼2014-02-28 23:19:19
