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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于序列分析的问题
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王方平

金虫 (小有名气)

[求助] 关于序列分析的问题 已有1人参与

本人每次做普通分子实验——基因克隆及序列分析，实验前期每步都还是比较顺利，但是最后将重组细菌菌液送往测序公司测序时，每次都说信号衰减，测不通，老板讲是序列中GC含量高，让我分析分析，本人愚昧，不知如何分析，求大神指教……
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1楼 2014-01-09 20:55:45
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
王方平: 金币+10, ★有帮助 2014-01-09 21:41:01
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-09 23:00:56
也不一定是GC含量的问题，可能出现了高级结构。我实验室也出现这种情况，老师让我们把片段酶切一下再测序防止形成高级结构。
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hehe
2楼2014-01-09 21:15:50
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王方平

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-09 21:15:50
也不一定是GC含量的问题，可能出现了高级结构。我实验室也出现这种情况，老师让我们把片段酶切一下再测序防止形成高级结构。

但是酶切没做过，请问大神能不能说一下具体步骤呢？
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3楼2014-01-09 21:40:48
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
王方平: 金币+10, ★有帮助 2014-01-10 09:53:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王方平 at 2014-01-09 21:40:48
但是酶切没做过，请问大神能不能说一下具体步骤呢？...

就是在易形成二级结构的区域用内切酶打开。像测PCR产物那样测序
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hehe
4楼2014-01-09 22:16:10
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王方平

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-09 21:15:50
也不一定是GC含量的问题，可能出现了高级结构。我实验室也出现这种情况，老师让我们把片段酶切一下再测序防止形成高级结构。

好吧，谢谢
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5楼2014-01-10 00:23:19
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王方平

金虫 (小有名气)
是否先要找到引物结合位点，然后在分析
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6楼2014-01-10 10:52:16
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