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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 18s rDNA和ITS序列鉴定藻种的引物问题
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1994dancer

新虫 (初入文坛)

[求助] 18s rDNA和ITS序列鉴定藻种的引物问题

最近想鉴定一株藻，之前通过形态观察，大致上认定为栅藻，想通过18s rDNA和ITS序列鉴定，进一步确定到“种”。看了一些文献，他们用的引物差别都很大，文章中说的什么通用引物或者是自己合成的引物找不到一点相似性，现在都不知道用什么引物好了！求做过这方面的人指点一下。。。
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1楼 2013-11-03 12:30:04
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若离1221

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试18N5和18N11R吧，产物长度约1200bp。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索。
2楼2013-11-03 19:22:47
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
打电话给测序公司询问，一般他们会替你问实验部，推荐华大，真的很专业，而且貌似最近测序价格都降了。
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3楼2013-11-03 22:12:44
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1994dancer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 若离1221 at 2013-11-03 19:22:47
试试18N5和18N11R吧，产物长度约1200bp。

18N5和18N11R是一对引物么？
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4楼2013-11-04 14:29:34
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若离1221

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 1994dancer at 2013-11-04 14:29:34
18N5和18N11R是一对引物么？...

是
5楼2013-11-04 17:16:13
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1994dancer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 若离1221 at 2013-11-04 17:16:13
是...

谢谢啦！找到这篇文章了！那个貌似是做冬虫夏草，不知道对藻类能不能扩增得出来，先试试看！
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6楼2013-11-04 20:11:13
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若离1221

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 1994dancer at 2013-11-04 20:11:13
谢谢啦！找到这篇文章了！那个貌似是做冬虫夏草，不知道对藻类能不能扩增得出来，先试试看！...

我看的不是冬虫夏草的文章啊，我看的是一篇海水赤潮鉴定各种藻类的，后来我用这个引物对一个来自长江水的样品进行pcr，blast后确实有很多藻类。
我找找序列。
18N5： 5’-TGGTGCCAGCAGCCGCGGTA-3’
18N11R： 5’-CTCAGTAAGCTTGATCCTTCCGCAGGTTCACC-3’
PCR反应条件： 94℃ 3min；30×（94℃ 30s；55℃ 30s；72℃ 1min），72℃ 5min，12℃ hold。
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索。
7楼2013-11-05 10:59:13
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
给你看两篇文章，试试看
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但行好事，莫问前程
8楼2013-11-05 21:48:29
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