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1994dancer

新虫 (初入文坛)

[求助] 18s rDNA和ITS序列鉴定藻种的引物问题

最近想鉴定一株藻,之前通过形态观察,大致上认定为栅藻,想通过18s rDNA和ITS序列鉴定,进一步确定到“种”。看了一些文献,他们用的引物差别都很大,文章中说的什么通用引物或者是自己合成的引物找不到一点相似性,现在都不知道用什么引物好了!求做过这方面的人指点一下。。。
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若离1221

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
试试18N5和18N11R吧,产物长度约1200bp。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
2楼2013-11-03 19:22:47
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
打电话给测序公司询问,一般他们会替你问实验部,推荐华大,真的很专业,而且貌似最近测序价格都降了。
3楼2013-11-03 22:12:44
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1994dancer

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 若离1221 at 2013-11-03 19:22:47
试试18N5和18N11R吧,产物长度约1200bp。

18N5和18N11R是一对引物么?
4楼2013-11-04 14:29:34
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若离1221

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 1994dancer at 2013-11-04 14:29:34
18N5和18N11R是一对引物么?...

5楼2013-11-04 17:16:13
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1994dancer

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 若离1221 at 2013-11-04 17:16:13
是...

谢谢啦!找到这篇文章了!那个貌似是做冬虫夏草,不知道对藻类能不能扩增得出来,先试试看!
6楼2013-11-04 20:11:13
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若离1221

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 1994dancer at 2013-11-04 20:11:13
谢谢啦!找到这篇文章了!那个貌似是做冬虫夏草,不知道对藻类能不能扩增得出来,先试试看!...

我看的不是冬虫夏草的文章啊,我看的是一篇海水赤潮鉴定各种藻类的,后来我用这个引物对一个来自长江水的样品进行pcr,blast后确实有很多藻类。
我找找序列。
18N5: 5’-TGGTGCCAGCAGCCGCGGTA-3’
18N11R: 5’-CTCAGTAAGCTTGATCCTTCCGCAGGTTCACC-3’
PCR反应条件: 94℃ 3min;30×(94℃ 30s;55℃ 30s;72℃ 1min),72℃ 5min,12℃ hold。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
7楼2013-11-05 10:59:13
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
给你看两篇文章,试试看

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但行好事,莫问前程
8楼2013-11-05 21:48:29
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