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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】通过16or18s rDNA鉴定后，怎么确定是否是新的种属啊？
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alphafu

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】通过16or18s rDNA鉴定后，怎么确定是否是新的种属啊？ 已有1人参与

RT,这方面不太懂，请教一下大家。
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1楼 2010-10-17 22:07:11
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lu_zl

银虫 (小有名气)
★
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-18 08:40:55
alphafu(金币+2): 2010-10-18 08:44:43
通常情况下，与已知属序列相似度小于99%，为不同株（型）；小于97%，为不同种；小于95%，为不同属。
你可以多查些文献，确定以上结论。
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2楼2010-10-18 08:03:03
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
alphafu(金币+1): 2010-10-18 08:44:46
基本上如一楼所说！你可以去NCBI里面BLAST看看，用blastN
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3楼2010-10-18 08:11:33
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alphafu

木虫 (小有名气)
谢谢各位了：）还有没有更多的信息啊，我的真菌做了18s后，相似度差不多是98,99%，但是最相近的一个是一个不定种，而且从进化树的效果来看，貌似与我的菌差的比较远，那算新的种吗？

[ Last edited by alphafu on 2010-10-18 at 08:48 ]
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4楼2010-10-18 08:45:13
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-10-18 12:03:39
alphafu(金币+2): 2010-10-20 00:02:05
光从分子水平上看还不得，分子只是一个辅助，还要结合形态学分析，结合形态特征，如果相关特别大，如到了95%，那可能是新种，就是说要让别人认同你这确实是个新种，仅仅从分子水平上还不够，还要更多的证据……
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5楼2010-10-18 09:25:04
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alphafu

木虫 (小有名气)
那如果要鉴定的话，是交给专门的机构还是自己做啊？哪些地方能提供坚定的啊，要不要钱啊？
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-10-18 09:25:04:
光从分子水平上看还不得，分子只是一个辅助，还要结合形态学分析，结合形态特征，如果相关特别大，如到了95%，那可能是新种，就是说要让别人认同你这确实是个新种，仅仅从分子水平上还不够，还要更多的证据……

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6楼2010-10-20 00:03:05
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biofuture

铁虫 (小有名气)
alphafu(金币+1): 2010-10-21 23:44:22
定种是个很麻烦的事， 有全基因组杂交 大于70% 认为是同一个种哦， 各方面的证据
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年轻人就应该奋斗
7楼2010-10-21 12:10:49
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)
alphafu(金币+1): 2010-11-19 11:04:51
alphafu(金币+1): 2010-11-23 18:40:34
也可以结合5.8ITS区以及26SD1/D2，结合起来分析是不错的选择。26SD1/D2界定范围的经验值是种内差异小于1%，种间大于1%
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8楼2010-11-17 21:32:57
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