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alphafu

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】通过16or18s rDNA鉴定后,怎么确定是否是新的种属啊? 已有1人参与

RT,这方面不太懂,请教一下大家。
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minfeng0608

新虫 (初入文坛)

alphafu(金币+1): 2010-11-19 11:04:51
alphafu(金币+1): 2010-11-23 18:40:34
也可以结合5.8ITS区以及26SD1/D2,结合起来分析是不错的选择。26SD1/D2界定范围的经验值是种内差异小于1%,种间大于1%
8楼2010-11-17 21:32:57
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lu_zl

银虫 (小有名气)


dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-18 08:40:55
alphafu(金币+2): 2010-10-18 08:44:43
通常情况下,与已知属序列相似度小于99%,为不同株(型);小于97%,为不同种;小于95%,为不同属。
你可以多查些文献,确定以上结论。
2楼2010-10-18 08:03:03
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

alphafu(金币+1): 2010-10-18 08:44:46
基本上如一楼所说!你可以去NCBI里面BLAST看看,用blastN
3楼2010-10-18 08:11:33
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alphafu

木虫 (小有名气)

谢谢各位了:)还有没有更多的信息啊,我的真菌做了18s后,相似度差不多是98,99%,但是最相近的一个是一个不定种,而且从进化树的效果来看,貌似与我的菌差的比较远,那算新的种吗?

[ Last edited by alphafu on 2010-10-18 at 08:48 ]
4楼2010-10-18 08:45:13
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