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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] rDNA-ITS序列分析？ 已有1人参与

用了一对通用引物（18S，26S）扩增了某一虫子的rDNA-ITS，测序已获得1000bp左右片段。
求教：如何定义所测得的DNA序列中18S、ITS1、5.8S、TIS2和28S在所获得的序列的位置？如NCBI中相关截图所示
谢谢！
rDNA-ITS序列分析？
0.JPG
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日拱一卒，功不唐捐
1楼 2014-02-26 13:08:37
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 周游1166 at 2014-02-26 14:27:49
18S是保守序列 如果这个你标出来的菌和你是一个种或者属的话  那么第15或者16到21这几个碱基是可以在你序列大概相同的位置找到 找到后标记 那么接下来的是ITS1序列。然后5.8S是保守序列 找它前面几个碱基和最后面的 ...

主要不明白的是所谓的“保守序列”怎么确定？比如18S和5.8S保守区。
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日拱一卒，功不唐捐
3楼2014-02-26 15:47:10
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查看全部 5 个回答

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Crescendo: 金币+5, ★★★很有帮助, 你的回复比较详细。但我有一点不清楚：5.8 S这段序列如何确定呢？ 2014-02-26 15:31:43
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-26 21:02:13
本帖仅楼主可见
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2楼2014-02-26 14:27:49
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Crescendo: 金币+5, ★有帮助, 第二句话没明白。。。求教 2014-02-28 22:05:44
保守序列是在进化上而言的，你所用的通用引物当然是前人研究后设计的。你查下文献，保守区内的引物扩增位置肯定不一样，扩增的区域是有范围的。
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学习使你立于不败之地
4楼2014-02-26 23:14:30
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Crescendo: 金币+10, ★★★很有帮助, 最终我 是这样解决的：以同物种的18S,5.8S和28S为模板寻找自己测序的分离群体的对应位置。不过依照这样的方法，分析NCBI中其他近似物种，却并非绝对准确，这值得进一步确定。 2014-03-08 07:30:54
核糖体DNA中的18S、5.8S和28S的基因组序列在大多数生物中趋于保守,在生物种间变化小（异种同源性大），ITS1,ITS2为非编码区，相对变化较大。一段序列具体到各个基因位置我也不是很清楚，我的理解是：同个物种通过比较序列的保守性也就是通过序列比对或通过编码氨基酸与否确定位置（编码区和非编码区）。
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学习使你立于不败之地
5楼2014-02-28 23:19:19
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