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liulugang

木虫 (小有名气)

[求助] 有关质粒提取的问题。。。急!!! 已有2人参与

小弟最近做red重组,用的质粒pkd46(6329bp),每次提完跑胶都在12000左右,应该是形成了二聚体,单酶切后跑胶大小正常。请问下:质粒形成二聚体会影响质粒上基因的表达吗?
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银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by liulugang at 2014-02-18 16:05:23
谢谢了。我每次只能提出12000大小的质粒,正常大小(6329)的就是提不出,这正常吗?...

你的意思是,取不同的转化子提质粒,质粒直接跑胶条带都在约12000的位置吗?
这里有一个问题。提取的质粒要么是超螺旋,要么是开环,基本没有线性化的,它们的电泳速度各不相同,所以这根本看不出质粒的大小啊....
9楼2014-02-18 16:33:17
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yipan

铜虫 (职业作家)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liulugang: 金币+2, 有帮助 2014-02-19 13:30:50
细菌质粒是独立于细菌染色体的自主复制的环状双链DNA分子,只有酵母的杀伤质粒(killerplasmid)已知是RNA分子。环形双链DNA分子有三种构型。第一种是共价闭合环状DNA(covalently close circular DNA,ccc DNA),它的两条链都保持完整的环状结构,通常呈超螺旋构型。第二种是开环DNA(open circularDNA,oc DNA),它的双链中的一条保持完整的环状结构,另一条单链上有一到几个切口。第三种是线状DNA,这种质粒的双链断裂呈线状。这三种构型的同一种质粒在琼脂糖凝胶中电泳时,出现不同的迁移速率,走得最快的是超螺旋构型,其次是线性构型,最慢的是开环构型。细菌细胞中质粒的数目有很大差异。多的每个细胞里可以达几十乃至几百份拷贝,少的则只有一到几份拷贝。高拷贝数的质粒称为松弛型质粒(relaxed plasmid),独立于细菌细胞而自主复制;低拷贝数的质粒一般是严紧型质粒(stringent plasmid),它们的复制随细菌染色体的复制同步进行。实验证明,同一个大肠杆菌细胞里一般不会同时有两种不同的质粒,这是质粒不相容性(plasmid incompatibility)。在细菌细胞增殖过程中,其中必有一种会被逐渐排斥。这样的两种质粒被称为不相容质粒。带有外源DNA的质粒载体转化到大肠杆菌细胞以后,会产生一系列生理效应,影响自身的稳定性。特别是表达型的质粒载体,外源基因的表达会使宿主细胞的生长速率下降,以及质粒载体的丢失等。这种质粒的不稳定性包括分离不稳定性(segregational instability)和结构不稳定性(structural instability),前者指细菌细胞分裂过程中,有一个子细胞没有得到质粒拷贝,最终使质粒丢失的细胞成为优势群体;后者主要是指由于转座和重组,使质粒DNA重排或缺失。影响质粒载体稳定性的主要因素有:①宿主细胞代谢负荷增加 质粒载体可使宿主细胞的代谢负荷加重,有的能延长其世代时间15%左右。质粒载体的大小同宿主细胞生长延缓的程度呈正相关,这可能是由于质粒载体相对分子质量大,则对宿主细胞DNA复制的负荷更大的缘故。同样,宿主细胞如维持质粒载体中外源基因的表达活性,势必在DNA转录和蛋白质翻译上承受更多的额外负担。②细胞中所含质粒载体的拷贝数 细胞中所含质粒载体的拷贝数各不相同,也是影响质粒丢失的一个因素。拷贝数差别不大时,质粒载体相对地稳定;拷贝数相差悬殊,则很容易造成一些细胞丢失质粒,并逐渐发展为优势群体。③宿主细胞DNA重组系统的作用 质粒载体之间发生重组会形成二聚体、三聚体,甚至四聚体等所谓的质粒寡聚体(plasmid oligomer),其稳定性比单体差。此外,质粒载体中外源DNA片段的大小同质粒寡聚化的程度也密切相关。
2楼2014-02-18 13:24:38
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liulugang

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yipan at 2014-02-18 13:24:38
细菌质粒是独立于细菌染色体的自主复制的环状双链DNA分子,只有酵母的杀伤质粒(killerplasmid)已知是RNA分子。环形双链DNA分子有三种构型。第一种是共价闭合环状DNA(covalently close circular DNA,ccc DNA),它的 ...

哥们,谢谢打了这么多,受教了。但是我想问的是:质粒这样形成二聚体会影响质粒上基因的表达吗?
3楼2014-02-18 14:17:20
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yipan

铜虫 (职业作家)


引用回帖:
3楼: Originally posted by liulugang at 2014-02-18 14:17:20
哥们,谢谢打了这么多,受教了。但是我想问的是:质粒这样形成二聚体会影响质粒上基因的表达吗?...

当然会了。
4楼2014-02-18 14:18:30
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