| 查看: 1630 | 回复: 2 | |||
[求助]
【新人求教】结构优化使用分子力场方法是否合适？ 已有2人参与
|
|
本行是有机，最近刚刚接触计算，计算的都是小分子的芳香共轭分子。 在使用gaussian的时候，我一般是把结构优化好的.gjf文件载入程序。 稍微查阅了一下相关资料，别人貌似都是用RHF或者B3LYP之类的方法对结构进行优化，但是我自己用的方法都是用gaussview的clean功能找到分子的最高对称性构型，然后用Chem3d的MM2做分子力场方法的结构优化。 我自己的考虑是使用半经验方法得到的几何结构应该要比从头算精确，尤其对只含C,H,O,N之类轻原子的小分子体系来说。 我的这种想法是否正确呢？方法上是否有需要改进的呢？ 希望各位大神不吝赐教！ |
回复此楼» 猜你喜欢
求助共晶分子筛的电镜图分析，有偿
已经有1人回复
-
中南大学化学化工学院招收电池储能、理论计算方向博士生
已经有16人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有298人回复
-
International Journal of Nanoscience属于中科院4区吗？
已经有0人回复
-
请问哪里可以代烧带压力的炉子？
已经有6人回复
-
关于合成MIL-125的求助
已经有0人回复
-
双非本硕光催化方向想读博，请各位老师看看我！
已经有2人回复
-
瑞典林雪平大学范立洲课题组现招聘博士后、岗位制博士生
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
澳大利亚南昆士兰大学量子点课题组招收博士生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 优化含Cu，Ag，Au的分子用什么方法比较好
已经有3人回复
- 经典分子动力学力场、势函数
已经有9人回复
- 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，求详细步骤
已经有8人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- MS中sorption模块使用自定义力场出现的问题
已经有26人回复
- 离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）
已经有4人回复
- 使用COMPASS 力场的同学请注意
已经有7人回复
- 聚合物链建晶胞时，Amorphous Cell模块没法用，求解释
已经有9人回复
- ATP分子力场参数怎么做
已经有4人回复
- ds中的分子优化
已经有5人回复
- 如何计算下面几个有机小分子的大小？
已经有9人回复
- 请教关于materials studio建模和OPLS力场
已经有7人回复
- 高斯对多分子体系的构型优化
已经有4人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】materials studio 软件中高分子材料模拟的力场选择
已经有10人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【讨论】结构用opt优化不了，而用opt=z-matrix却能优化
已经有7人回复
- 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题
已经有16人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-02-08 14:26:33
hicainiao: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 谢谢sob大大！太有用了 2014-02-09 11:42:00
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-02-08 14:26:33
hicainiao: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 谢谢sob大大！太有用了 2014-02-09 11:42:00
|
即便是CHNO的体系，较好的半经验方法（如PM6）至多也只比HF这种意义的从头算优化的结构更准确，比起较好的GGA级别的DFT的结构更准确一般都是不可能的，就算更准确也只是巧合，尤其是可靠性远不及从头算（诸如有一次用PM7优化磷脂，居然把尾巴上的双键的平面优化成扭曲的） chem3D的MMFF94比MM2要强，不建议用MM2。MMFF94优化出的结构算是不错的，如果要求更准确，可以以其作为初始结构再用诸如M06-2X/6-31G**或更高级别优化进一步结构。 |
2楼2014-02-08 13:13:38
gengle
木虫 (著名写手)
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 2924.8
- 散金: 44
- 红花: 14
- 帖子: 1388
- 在线: 298.1小时
- 虫号: 154256
- 注册: 2006-01-03
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-02-09 09:51:31
hicainiao: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 太感谢啦！！！！！！！！！！！！！！ 2014-02-09 11:42:20
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-02-09 09:51:31
hicainiao: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 太感谢啦！！！！！！！！！！！！！！ 2014-02-09 11:42:20
|
Sob说的已经比较清楚了。 我现在将我的做法说一下吧，我只是用GV 和chemdraw/3D用来建模，对结构不太把握的时候可以用3D/MM2来大概的优化出结构（个人认为这个优化结果的可信度不高），然后再放到Gaussian里面去优化。 当然有时也会发现MM2寻找的最小点结构与实际情况相差太远，尤其是研究弱相互作用的时候，MM2结果是不可信的。 另外，LZ也提到了相关文献上利用HF和B3LYP进行优化，建议LZ也这样做，并将相关文献引上。既然你做的是小分子，我建议你不要用HF方法，可以用Sob提到的方法与基组或者文献中的B3LYP方法，基组参考最新文献。个人更推荐Sob提到的基组与方法。 |
3楼2014-02-08 21:05:12
100