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【新人求教】结构优化使用分子力场方法是否合适？ 已有2人参与
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本行是有机，最近刚刚接触计算，计算的都是小分子的芳香共轭分子。 在使用gaussian的时候，我一般是把结构优化好的.gjf文件载入程序。 稍微查阅了一下相关资料，别人貌似都是用RHF或者B3LYP之类的方法对结构进行优化，但是我自己用的方法都是用gaussview的clean功能找到分子的最高对称性构型，然后用Chem3d的MM2做分子力场方法的结构优化。 我自己的考虑是使用半经验方法得到的几何结构应该要比从头算精确，尤其对只含C,H,O,N之类轻原子的小分子体系来说。 我的这种想法是否正确呢？方法上是否有需要改进的呢？ 希望各位大神不吝赐教！ |
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sobereva
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即便是CHNO的体系，较好的半经验方法（如PM6）至多也只比HF这种意义的从头算优化的结构更准确，比起较好的GGA级别的DFT的结构更准确一般都是不可能的，就算更准确也只是巧合，尤其是可靠性远不及从头算（诸如有一次用PM7优化磷脂，居然把尾巴上的双键的平面优化成扭曲的） chem3D的MMFF94比MM2要强，不建议用MM2。MMFF94优化出的结构算是不错的，如果要求更准确，可以以其作为初始结构再用诸如M06-2X/6-31G**或更高级别优化进一步结构。 |
2楼2014-02-08 13:13:38
gengle
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Sob说的已经比较清楚了。 我现在将我的做法说一下吧，我只是用GV 和chemdraw/3D用来建模，对结构不太把握的时候可以用3D/MM2来大概的优化出结构（个人认为这个优化结果的可信度不高），然后再放到Gaussian里面去优化。 当然有时也会发现MM2寻找的最小点结构与实际情况相差太远，尤其是研究弱相互作用的时候，MM2结果是不可信的。 另外，LZ也提到了相关文献上利用HF和B3LYP进行优化，建议LZ也这样做，并将相关文献引上。既然你做的是小分子，我建议你不要用HF方法，可以用Sob提到的方法与基组或者文献中的B3LYP方法，基组参考最新文献。个人更推荐Sob提到的基组与方法。 |
3楼2014-02-08 21:05:12
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