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三蛰

铜虫 (小有名气)

[求助] 酵母基因敲除,PCR验证遇到的问题。已有4人参与

这是我的PCR验证酵母基因敲除(方法就是常用的同源重组法,醋酸锂转化)泳道1出现的是从pUG6扩增disruption cassette 的一对引物,2-5泳道是A-B,6-9泳道是C-D,10-13泳道是A-D,(其中A、D是目的基因两侧的引物,B、C是目的基因内部的引物,B-M、C-M是marker内部的引物)不过,A、B-M和C-M、D并没有条带,所有样品都是用酵母菌液(冻融处理)作为模版。
我的问题是,我的A-D条带大小说明目的基因还在,且A-B,C-D的条带也说明了这点,但是为什么我的泳道1还有大小与我的disruption cassette 相同的条带呢?而且我今天做了个disruptionF,B-M和C-M,disruptionR两对引物,都有大小与预期相同的条带。说明disruption cassette 已经在酵母细胞中了。。。没有发生同源重组?
各位分析一下什么情况……
酵母基因敲除,PCR验证遇到的问题。
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我不会!
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小晖晖在复旦

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 猫di阁楼 at 2014-02-26 22:23:49
我也是遇到同样的问题,转化后的酵母在抗性板上张得很欢快,可是PCR验证就是不对,我判断是发生了非同源交换,情况和你的很像。
不知道你现在情况如何了?我现在是想多做几次看看能不能成,我的同源部分各有700BP, ...

我现在也遇到你的这个问题,同源部分现在是300,也不成功,你的问题解决了么?跪求指导啊
16楼2014-12-24 13:46:46
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三蛰

铜虫 (小有名气)

不要沉掉……………………
我不会!
2楼2014-01-07 23:17:40
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三蛰

铜虫 (小有名气)

不要沉掉……千万!有做过的望不吝赐教。。。
我不会!
3楼2014-01-08 09:52:09
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spirit87

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-10 23:23:21
三蛰: 金币+2, 有帮助 2014-01-12 21:47:39
你想过没有酵母也会存在二倍体的问题,如果只敲出了一份基因,而另外一份存在的话就这样。我们经常遇到类似情况
4楼2014-01-10 19:57:57
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三蛰

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by spirit87 at 2014-01-10 19:57:57
你想过没有酵母也会存在二倍体的问题,如果只敲出了一份基因,而另外一份存在的话就这样。我们经常遇到类似情况

嗯,是常用的实验室工程酵母BY4741是单倍体
我不会!
5楼2014-01-12 21:47:31
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meimei23

金虫 (著名写手)

请问楼主问题解决了吗?我做细菌的敲除,也遇到和你一样的情况,敲除臂能扩到,同时内部检测引物也能扩到!
从事分子生物学的研究
6楼2014-01-15 10:33:55
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三蛰

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by meimei23 at 2014-01-15 10:33:55
请问楼主问题解决了吗?我做细菌的敲除,也遇到和你一样的情况,敲除臂能扩到,同时内部检测引物也能扩到!

么有搞定呀,我们初步判断是敲除掉其他基因了,而非目的基因。只能重新设计敲除组件了,我的小心脏啊…………
我不会!
7楼2014-01-15 14:35:49
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meimei23

金虫 (著名写手)

怎么会敲除其他基因呢,同源臂设置的不是特异性的吗!
从事分子生物学的研究
8楼2014-01-15 17:15:36
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三蛰

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by meimei23 at 2014-01-15 17:15:36
怎么会敲除其他基因呢,同源臂设置的不是特异性的吗!

问题就出在这里呀,万一同源臂特异性不强,,,,
我不会!
9楼2014-01-15 19:19:13
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猫di阁楼

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


三蛰(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励交流 2014-03-02 10:58:33
我也是遇到同样的问题,转化后的酵母在抗性板上张得很欢快,可是PCR验证就是不对,我判断是发生了非同源交换,情况和你的很像。
不知道你现在情况如何了?我现在是想多做几次看看能不能成,我的同源部分各有700BP,我觉得发生非同源的概率太不可思议了,文献中的报道都是差不多的做法……感觉做起来特别无力……共勉吧……希望你成功(PS。我现在想再扩大同源的部分,不知道能不能成。)
10楼2014-02-26 22:23:49
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