应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 配体文件在windows下提取
51/1返回列表
查看: 1357  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

___garrett

金虫 (正式写手)

[交流] autodock 配体文件在windows下提取

根据网上教程，我已经安装了cygwin，并且把cygwin的bin文件夹放到了windows环境变量里。

第一步提取所有的pdbqt信息：
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
第二步将pdbqt格式转化为pdb格子，也就是删去电荷和atomtype的两列数据：
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

之后咋弄，求帮助。 之后还有没有了，我咋弄不明白了。

蛋已碎啊！！！！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-01-05 17:44:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangming98

金虫 (著名写手)
飞行

[ 发自小木虫客户端 ]
回复此楼
5楼2014-01-23 22:12:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:46:14
为什么弄的这么复杂呢？
直接用pymol分析多简单呀
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-10 13:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-12 09:19:11
的确是个没有弄清楚的问题，你到底是想查看结果还是分析结果？查看结果Autod自带的MGLTools就行。

作图分析则pymol 等都好。

PS：现在的Autodock MGLTools根本不需要安装什么cywin了。

关于autodock vina结果的查看，可以见这里 http://bioms.org/forum-simulate_visualization-1.html

关于Autodock和vina的使用可以见这里http://bioms.org/forum-autodock_vina-1.html
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-11 19:42:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭