应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用AutoDock4.2对接准备受体蛋白时为什么要除水？
81/1返回列表
查看: 1858  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

[交流] 用AutoDock4.2对接准备受体蛋白时为什么要除水？

RT,刚接触这块，很多基本东西不了解啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-11-13 22:01:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 09:01:07
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-14 09:09:53
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 11:51:11
结晶水会影响配体与靶蛋白的相互作用
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-11-14 08:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liu_chen_na

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2013-11-14 08:07:41
结晶水会影响配体与靶蛋白的相互作用

继续问，那糖基化的侧链和一些离子需不需要处理啊
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-14 09:02:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 11:50:56
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:47:21
引用回帖:
5楼: Originally posted by liu_chen_na at 2013-11-14 09:02:11
继续问，那糖基化的侧链和一些离子需不需要处理啊...

只要是占据空间的原子 都会在对接的时候影响配体的结合 除非你觉得这个东西就在着应该发生作用 否则一律删除
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-14 11:16:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xufund

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在HIV-1蛋白酶的设计中，水分子不是很重要的吗？请问对这样一类受体怎么处理？需要删除的是哪些水分子？
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-15 22:05:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个你要对比要不要去除水。两个对比一下不就知道水对你的结果影响了啊，不过，因为每个蛋白质的结晶状态不一样，不一定要保留水，毕竟AD认为他们对接的构象，跟真实构象一样。自己慢慢考虑吧
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2013-11-17 13:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
userhung2楼
2013-11-13 22:26   回复  
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
yingying15883楼
2013-11-13 23:43   回复  
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 liu_chen_na 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭