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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用AutoDock4.2对接准备受体蛋白时为什么要除水？
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

[交流] 用AutoDock4.2对接准备受体蛋白时为什么要除水？

RT,刚接触这块，很多基本东西不了解啊
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1楼 2013-11-13 22:01:36
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 09:01:07
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-14 09:09:53
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 11:51:11
结晶水会影响配体与靶蛋白的相互作用
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4楼2013-11-14 08:07:41
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2013-11-14 08:07:41
结晶水会影响配体与靶蛋白的相互作用

继续问，那糖基化的侧链和一些离子需不需要处理啊
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5楼2013-11-14 09:02:11
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
liu_chen_na: 金币+2 2013-11-14 11:50:56
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:47:21
引用回帖:
5楼: Originally posted by liu_chen_na at 2013-11-14 09:02:11
继续问，那糖基化的侧链和一些离子需不需要处理啊...

只要是占据空间的原子 都会在对接的时候影响配体的结合 除非你觉得这个东西就在着应该发生作用 否则一律删除
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6楼2013-11-14 11:16:45
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在HIV-1蛋白酶的设计中，水分子不是很重要的吗？请问对这样一类受体怎么处理？需要删除的是哪些水分子？
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7楼2013-11-15 22:05:22
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个你要对比要不要去除水。两个对比一下不就知道水对你的结果影响了啊，不过，因为每个蛋白质的结晶状态不一样，不一定要保留水，毕竟AD认为他们对接的构象，跟真实构象一样。自己慢慢考虑吧
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8楼2013-11-17 13:49:05
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简单回复
userhung2楼
2013-11-13 22:26   回复  
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
yingying15883楼
2013-11-13 23:43   回复  
liu_chen_na(金币+1): 谢谢参与
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