24小时热门版块排行榜    

查看: 1560  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

___garrett

金虫 (正式写手)


[交流] autodock 配体文件在windows下提取

根据网上教程,我已经安装了cygwin,并且把cygwin的bin文件夹放到了windows环境变量里。

第一步提取所有的pdbqt信息:
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
第二步将pdbqt格式转化为pdb格子,也就是删去电荷和atomtype的两列数据:
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

之后咋弄,求帮助。 之后还有没有了,我咋弄不明白了。

蛋已碎啊!!!!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:46:14
为什么弄的这么复杂呢?
直接用pymol分析多简单呀
3楼2014-01-10 13:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-12 09:19:11
的确是个没有弄清楚的问题,你到底是想查看结果还是分析结果?查看结果Autod自带的MGLTools就行。

作图分析则pymol 等都好。

PS:现在的Autodock MGLTools根本不需要安装什么cywin了。

关于autodock vina结果的查看,可以见这里 http://bioms.org/forum-simulate_visualization-1.html

关于Autodock和vina的使用可以见这里http://bioms.org/forum-autodock_vina-1.html
4楼2014-01-11 19:42:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangming98

金虫 (著名写手)


飞行

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-01-23 22:12:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +8 ziyangfang 2026-08-25 11/550 2026-09-01 09:51 by zzuzxg
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见