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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 配体文件在windows下提取
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___garrett

金虫 (正式写手)

[交流] autodock 配体文件在windows下提取

根据网上教程，我已经安装了cygwin，并且把cygwin的bin文件夹放到了windows环境变量里。

第一步提取所有的pdbqt信息：
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
第二步将pdbqt格式转化为pdb格子，也就是删去电荷和atomtype的两列数据：
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

之后咋弄，求帮助。 之后还有没有了，我咋弄不明白了。

蛋已碎啊！！！！！！
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1楼 2014-01-05 17:44:09
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:46:14
为什么弄的这么复杂呢？
直接用pymol分析多简单呀
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-10 13:32:48
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-12 09:19:11
的确是个没有弄清楚的问题，你到底是想查看结果还是分析结果？查看结果Autod自带的MGLTools就行。

作图分析则pymol 等都好。

PS：现在的Autodock MGLTools根本不需要安装什么cywin了。

关于autodock vina结果的查看，可以见这里 http://bioms.org/forum-simulate_visualization-1.html

关于Autodock和vina的使用可以见这里http://bioms.org/forum-autodock_vina-1.html
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-11 19:42:20
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yangming98

金虫 (著名写手)
飞行

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-01-23 22:12:58
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