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coffee159

金虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 生物化学

[求助] 转录组测序的拼接已有1人参与

最近要做一个转录组数据的分析，在转录组测序上有一些问题，希望高手们能够指导一下。
是无参考基因的转录组测序，用的DE novo拼接，测了4个样品
4个样品的reads放在一起拼接，reads拼接得到contig,contig再拼接得到转录本，这时得到的每个转录本之间有重复序列吗？
公司给的说明上还有一句话看不明白：
Unigene序列，每个Loci下取最长转录本作Unigene 。
不明白这个unigene是怎么来的。

希望高手们指导一下。谢谢了

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1楼 2013-11-12 17:23:25

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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

BioEPI: 18
应助: 599 (博士)
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虫号: 1879241
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性别: GG
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

★ ★ ★
coffee159: 金币+3, ★有帮助 2013-12-22 19:56:09

你用的是trinity？
transcript没有重复，但是有非常相似的。

3楼2013-12-21 10:57:09

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