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coffee159

金虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序的拼接 已有1人参与

最近要做一个转录组数据的分析,在转录组测序上有一些问题,希望高手们能够指导一下。
是无参考基因的转录组测序,用的DE novo拼接,测了4个样品
4个样品的reads放在一起拼接,reads拼接得到contig,contig再拼接得到转录本,这时得到的每个转录本之间有重复序列吗?
公司给的说明上还有一句话看不明白:
Unigene序列,每个Loci下取最长转录本作Unigene 。
不明白这个unigene是怎么来的。

希望高手们指导一下。谢谢了
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xwmrstc

新虫 (初入文坛)

2楼2013-12-20 16:12:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
coffee159: 金币+3, 有帮助 2013-12-22 19:56:09
你用的是trinity?
transcript没有重复,但是有非常相似的。
3楼2013-12-21 10:57:09
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