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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

[求助] PCR引物设计Tm

请问PCR引物温度如果高于extension temperature(就是72度那一步)会不会有很大影响? 我的引物GC含量太高了,但是序列又不能随便改,要么引物会很短,要么Tm高于72度,不知道会不会有影响.
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
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15879003030

铜虫 (小有名气)

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fuyuandj86: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-08-16 22:05:15
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-16 22:08:40
不会,TM高一点pcr效果还不错的。我自己设计引物有时候都有85℃。   一般最少也要70℃,这样退火温度可选范围就大,非特异性也好控制。
2楼2013-08-16 10:44:17
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-08-16 22:08:47
引物GC含量太高,TM高一点PCR一般 没有问题,TM高与72度也可以,extension temperature这步主要是考虑Taq聚合酶的承受能力和酶活力,温度高些高与72度,Taq效率不是最高,稳定性可能也不是最为稳定,不过Taq能耐94度,应该问题不大。

引物GC含量太高适当地提高变性温度,一般是90-92度,楼主可以提高94度。
3楼2013-08-16 11:50:11
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