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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物的PCR Tm值 请教
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lilirong2009

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物的PCR Tm值 请教

我设计了几种引物，长度都为18bp，用公式 Tm=4(G+C)+2(A+T)-5℃  计算得Tm值为43℃左右，那PCR时按算法 Tm-5℃ 设退火温度时，退火温度就只有三十几摄氏度了，这样设的话退火温度是不是太低？合理吗？怎么设置退火温度比较合理啊？
我其中一对引物为 5‘-AAGACTCCTATCACTATG-3’  Tm 45℃
                             5‘-TAAAAGATTTGTGGCATA-3’  Tm 41℃

       谢谢指教!

[ Last edited by lilirong2009 on 2010-11-17 at 17:27 ]
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1楼 2010-11-17 17:19:24
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lij2

金虫 (小有名气)
算的时候不用减5，实际用的时候减
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2楼2010-11-17 18:53:32
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zjzz

木虫 (正式写手)
3末端最好不要是A吧
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3楼2010-11-17 21:17:33
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anik

银虫 (正式写手)
为什么不用Oligo6软件呢？
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4楼2010-11-17 21:49:26
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poog502

木虫 (正式写手)
实践出真知，出的来才是硬道理
跑一下就知道了
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5楼2010-11-17 21:55:50
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
能p出来 就是好引物。   tm 都是浮云。
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6楼2010-11-17 23:38:54
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xiangao

金虫 (正式写手)
把引物序列延长一下 Tm就上去了
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7楼2010-11-17 23:45:50
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
我的经验公式：50mM [Na+]的Tm值加上5~10度，最近做了一次，加到15度都能扩出来
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8楼2010-11-18 00:07:27
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