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lilirong2009

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】引物的PCR Tm值 请教

我设计了几种引物,长度都为18bp,用公式 Tm=4(G+C)+2(A+T)-5℃  计算得Tm值为43℃左右,那PCR时按算法 Tm-5℃ 设退火温度时,退火温度就只有三十几摄氏度了,这样设的话退火温度是不是太低?合理吗?怎么设置退火温度比较合理啊?
我其中一对引物为 5‘-AAGACTCCTATCACTATG-3’  Tm 45℃
                             5‘-TAAAAGATTTGTGGCATA-3’  Tm 41℃

       谢谢指教!

[ Last edited by lilirong2009 on 2010-11-17 at 17:27 ]
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lij2

金虫 (小有名气)


算的时候不用减5,实际用的时候减
2楼2010-11-17 18:53:32
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zjzz

木虫 (正式写手)


3末端最好不要是A吧
3楼2010-11-17 21:17:33
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anik

银虫 (正式写手)


为什么不用Oligo6软件呢?
4楼2010-11-17 21:49:26
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poog502

木虫 (正式写手)


实践出真知,出的来才是硬道理
跑一下就知道了
5楼2010-11-17 21:55:50
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


能p出来 就是好引物。   tm 都是浮云。
6楼2010-11-17 23:38:54
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xiangao

金虫 (正式写手)


把引物序列延长一下 Tm就上去了
7楼2010-11-17 23:45:50
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我的经验公式:50mM [Na+]的Tm值加上5~10度,最近做了一次,加到15度都能扩出来
8楼2010-11-18 00:07:27
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