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mayibuku

木虫 (小有名气)

[求助] PCR引物设计求助

各位版友,最近在做一个PCR的primer设计,模板大概500bp左右,GC含量47%,位于一个环形质粒上面,这些都很正常。但是麻烦的地方在于,我的s primer 需要一个6bp酶切位点以及相应保护碱基之类的,长度大概是30左右,但是我的anti primer需要在C端加上三个蛋白,也就是9bp,然后还有6bp的酶切位点,这样全部加起来长度达到了45bp,这样两个primer的长度相差很大,TM相差也很大,而且anti primer已经超过了38bp,也就是延伸温度可能会超过74度,这样退火延伸温度都不太好选择
这个PCR产物我是准备用来做TA克隆的,因此保护碱基数目已经设计得尽可能少了,但是还是很长,这种情况应该怎么优化呢?
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wcg129

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mayibuku: 金币+3, 有帮助, 退火温度不用考虑加上的吗?可是第二轮开始就是整个primer和模板结合了啊 2012-07-16 21:55:48
本帖内容被屏蔽

2楼2012-07-16 17:28:47
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piaoyunokok

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mayibuku: 金币+2, 有帮助 2012-07-16 21:55:59
不用考虑哪些的,直接做一个梯度PCR看一下最适合的温度就行。
3楼2012-07-16 18:15:09
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reallpf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mayibuku: 金币+4, ★★★很有帮助, 哦,原来退火温度会高啊,谢谢了 2012-07-16 22:27:26
先试试看吧,而且往往根据公式算得退火温度都高,要减5度左右。另外有条件做梯度PCR或者touch down PCR应该能很快的得到目的片段。
4楼2012-07-16 19:01:29
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wcg129

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2012-07-17 10:46:56
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123n

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mayibuku: 金币+4, ★★★很有帮助, 恩,谢谢啊,问了下师兄,我们的PCR仪是可以做梯度的,我先做梯度试试 2012-07-18 11:12:57
没关系的,Tm值自己是算不准确的!而且退火温度应该是Tm值减去5到10度!LZ放心肯定能扩出来的~~~~Touch Down等都可以~
6楼2012-07-18 10:31:58
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-18 13:58:28
mayibuku: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢哦 2012-07-18 19:50:49
内容已删除
7楼2012-07-18 13:03:06
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