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mayibuku木虫 (小有名气)
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[求助]
PCR引物设计求助
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各位版友，最近在做一个PCR的primer设计，模板大概500bp左右，GC含量47%，位于一个环形质粒上面，这些都很正常。但是麻烦的地方在于，我的s primer 需要一个6bp酶切位点以及相应保护碱基之类的，长度大概是30左右，但是我的anti primer需要在C端加上三个蛋白，也就是9bp，然后还有6bp的酶切位点，这样全部加起来长度达到了45bp，这样两个primer的长度相差很大，TM相差也很大，而且anti primer已经超过了38bp，也就是延伸温度可能会超过74度，这样退火延伸温度都不太好选择 这个PCR产物我是准备用来做TA克隆的，因此保护碱基数目已经设计得尽可能少了，但是还是很长，这种情况应该怎么优化呢? |
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5楼2012-07-17 10:46:56
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感谢参与，应助指数 +1
mayibuku: 金币+3, ★有帮助, 退火温度不用考虑加上的吗？可是第二轮开始就是整个primer和模板结合了啊 2012-07-16 21:55:48
感谢参与，应助指数 +1
mayibuku: 金币+3, ★有帮助, 退火温度不用考虑加上的吗？可是第二轮开始就是整个primer和模板结合了啊 2012-07-16 21:55:48
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2楼2012-07-16 17:28:47
piaoyunokok
木虫 (正式写手)
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3楼2012-07-16 18:15:09
reallpf
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4楼2012-07-16 19:01:29
20